1，審計線索隱藏。業務數據進入計算機系統後，計算機按照程序自動生成會計報表，即使被篡改也不會留下痕跡，容易誘發經濟犯罪；
2.會計軟件缺乏權威的可審計認證。在審計內部控制系統和數據文件時，審計人員很難審計應用系統和軟件的開發。
3.審計人員的素質不能完全滿足要求。審計人員不僅要具備壹般審計所需要的知識，還要具備壹定的計算機知識，並對電算化會計系統有壹定的了解。然而，在實踐中，大多數審計師並不符合上述要求。