民辦非企業的註冊資金會計處理涉及“貨幣資金”與“非限定性資產”科目之間的借貸。首先，當收到註冊資金時，會計分錄為：
借：貨幣資金
貸：非限定性資產
這裏的“非限定性資產”科目用於記錄非營利組織積累的、沒有特定用途的凈資產。借方登記非限定性資產減少，貸方則反映其增加。期末，非限定性凈資產的貸方余額代表組織的累計非限定性資源。
在會計年度末，非營利組織需要調整其非限定性凈資產。例如，將所有非限定性收入科目（如捐贈、會費等）的余額轉入這個科目，借記相應的收入科目，貸記“非限定性凈資產”。如果某些限制條件解除，限定性凈資產會轉為非限定性，借記“限定性凈資產”，貸記“非限定性凈資產”。
同時，費用類科目余額也會轉入非限定性凈資產，反之亦然。對於以前期間的會計差錯或原則調整，需要調整非限定性凈資產時，相應金額會通過借記或貸記“非限定性凈資產”科目來完成。
以上會計處理反映了民辦非企業註冊資金的流入和流出情況，確保了財務信息的準確性和完整性。