因為內部控制按其控制的目的不同，可分為會計控制和管理控制：
會計控制是指與保護財產物資的安全性、會計信息的真實性和完整性以及財務活動合法性有關的控制；
管理控制是指與保證經營方針、決策的貫徹執行，促進經營活動經濟性、效率性、效果性以及經營目標的實現有關的控制。會計控制與管理控制並不是相互排斥、互不相容的，有些控制措施既可以用於會計控制，也可以用於管理控制。