化會計信息系統內部控制方法如下：
1.企業應當建立完善的內控管理制度、崗位職責和操作規範，防止會計人員之間互換口令，越權操作，明確每個人的權利和職責。將監控和操作分離，實現系統內部的有效牽制。
建立數據保護機構，在調用機密文件時啟用多層身份認證，如口令控制，指紋識別，面容識別等，提高安全防範能力，確保網絡系統的可靠運行。
2.企業應重點加強對信息輸入、處理、輸出的控制和管理，以保證數據的合法性和正確性，防止信息失真。數據在輸入前都要經過校驗，輸入時應適當分工，輸入後進行必要的校驗。
使用無法復制的電子簽章，認真做好核心數據的備份。對於信息流普遍將采用加密技術，防止道德風險。
會計資料的保管采用多種形式的會計數據備份策略，既要保存在光盤、磁盤等光電介質中，又要按規定打印輸出，便於日後查詢和故障恢復需要。
3.提高網絡系統的安全防範能力，采取防火墻技術，將病毒和非法訪問者擋在內部網之外，保護好內部信息，同時對信息普遍采用數據加密技術，防止數據在傳輸過程中被泄密。
對整個財務網絡系統的各個層次都應采取安全防範措施和規則方面的技術，建立綜合的多層次的安全體系。同時還應加強計算機硬件和軟件方面的安全和保護，進行定期的檢查和維護。只有具備高素質、高技術復合型人才的支持才能保證網絡會計的廣泛應用和發展。