兩者的主要區別在於利息費用的處理，會計現金流將利息費用視為經營性現金流。財務現金流中的經營性現金流不計入利息，利息作為融資現金流(即融資成本)。
從形式上講，前者是將現金流量按照經營活動、投資活動和籌資活動進行區分，按照企業的各種活動進行會計處理，所以稱為會計現金流量表。後者是按經營現金流量、資本支出和凈營運資本現金流量來劃分的，即按現金流量的財務屬性(而不是企業活動)來劃分的，所以稱為財務現金流量表。
利息費用方面，企業的凈利潤是先從EBIT中扣除利息，再扣除稅款，即凈利潤的取得過程中包含了扣除利息的步驟，所以會計核算利息是經營活動的壹個步驟，所以根據經營活動的類型，利息費用在會計現金流量表中歸入“經營活動”。
利息實際上不是企業經營產生的，實際上是企業籌集資金的成本。因此，如果按照財務現金流量表中現金流量的財務屬性分類，利息支出不應歸入“經營性現金流量”。
因此，會計現金流量表只能反映企業活動中的現金收支，不能作為考察企業財務狀況的依據；相反，財務現金流量表更能科學地反映企業的財務狀況。