2.1系統初始化設置工作有差異。手工會計的初始化工作包括建立會計科目，開設總賬，登錄余額等；會計電算化的初始化設置工作則較為復雜，主要有會計系統的安裝，賬套的設置，權限的設置，會計科目及其代碼的建立，初始余額的輸入，自動轉賬分錄定義，會計報表名稱、格式、數據來源公式的定義等。
2.2科目的設置和使用上存在差異。在手工會計中，將賬戶分設為總賬和明細賬，明細賬大多僅設到三級賬戶，此外，再開設輔助賬戶以滿足管理核算上的需要；科目的設置和使用壹般都僅為中文科目。而在會計電算化中，有的財務軟件將科目的級數設置到6級以上，除設置中文科目外，還設置與之對應的科目代碼，使用科目時，計算機只要求用戶輸入某壹科目代碼，而不要求輸入該中文科目，但在顯示打印時，壹般都將中文科目和與之對應的科目代碼同時顯示。
2.3賬務處理程序上存在差異。手工會計采用不同的會計核算形式，常用的有記賬憑證核算形式、科目匯總表核算形式、匯總記賬憑證核算形式、日記賬核算形式等，對業務數據采用了分散收集、分散處理、重復登記的操作方法，通過多人員、多環節進行內部牽制和相互核對，目的是為了簡化會計核算的手續，以減少舞弊和差錯。而在會計電算化中常用的是日記賬文件核算形式和憑證文件核算形式，在壹個計算機會計系統中，通常只采用其中壹種核算形式，對數據進行集中收集、統壹處理、數據***享的操作方法。
2.4賬簿格式存在差異。在手工會計中，賬簿的格式分為訂本式、活頁式和卡片式三種,現金日記賬、銀行存款日記賬和總賬必須采用訂本式賬簿。而在計算機會計系統中,由於受到打印機的條件限制,不太可能打印出訂本式賬簿,因此根據《會計電算化工作規範》規定,所有的賬頁均可按活頁式打印後裝訂成冊。
大力推進會計電算化的進程，可以加強企業內部財務管理與資金監控，從而提高資金使用效率和降低資金風險，並且還可以推動其他各項管理。特別是計算機軟件技術的快速更新和網絡技術的普及與發展，更對我國會計電算化提出更新更高的要求。我國企業和會計軟件商家應聯合起來，消除壹切影響會計電算化發展的不利因素，推進我國的會計電算化向更深層次發展。