九江學院的學部學院分布在三個校區中，每個校區包括的學院列舉為：
1、主校區包括經濟與管理學院、電子商務學院、政法學院、文學與傳媒學院、外國語學院、理學院、機械與材料工程學院、電子工程學院、信息科學與技術學院、建築工程與規劃學院、藝術學院、會計學院、旅遊與地理學院、體育學院。?
2、潯東校區現有藥學與生命科學學院、繼續教育學院、護理學院、基礎醫學院、臨床醫學院五個二級學院。
3、九江學院廬峰校區也就是九江學院醫學院。
醫學院目前設有5年制臨床醫學、臨床醫學（農村定向醫學生）、臨床醫學（麻醉學方向）、4年制藥學、醫學檢驗、藥物制劑6個本科專業，以及3年制臨床醫學、口腔醫學、護理學、藥學、醫學檢驗、醫學影像學、衛生信息管理、中西醫結合等8個專科專業。