非盈利性的，有很多地區的民營醫院，都是用的公立醫院的賬務處理方法，是沒有設置折舊的。壹般來說，民營醫院應按企業來設置會計科目。
另外，衛生這壹塊其實包括了醫療，衛生，行政，醫院是按醫療單位來設置科目。疾控，婦幼是按衛生單位來專門設置。在《醫院會計制度》中沒有明確提出“折舊”的概念，但是規定按固定資產賬面價值的壹定比率提取修購基金，通過“專用基金、壹般修購基金”進行核算。
現行制度會計處理為：在提取壹般修購基金時，借：醫療支出、壹般修購費；貸：專用基金、 壹般修購基金。在固定資產的核算上面，現行的制度存在很多問題，據說馬上要改革了。
繳納的稅種
1、對非營利性醫療機構按照國家規定的價格取得的醫療服務收入，免征各項稅收。
2、對非營利性醫療機構從事非醫療服務取得的收入，如租賃收入、財產轉讓收入、培訓收入、對外投資收入等應按規定征收各項稅收。非營利性醫療機構將取得的非醫療服務收入，直接用於改善醫療衛生服務條件的部分，經稅務部門審核批準可抵扣其應納稅所得額，就其余額征收企業所得稅。
3、對非營利性醫療機構自產自用的制劑，免征增值稅。
4、對非營利性醫療機構自用的房產、土地、車船，免征房產稅、城鎮土地使用稅和車船使用稅。
5、需要代扣代繳個人所得稅。
6、各類應稅合同、憑證，權利許可證照等應當繳納印花稅。