1961年1月，根據省編捷字（61）第0379號文件精神，成立福建省省直機關事務管理局，屬壹級局機構，內部設立辦公室、交際處、生活福利處、財務處、房屋基建管理處。編制40人（不包括交際處、招待所和其他事業單位人員）。省人委辦公廳副秘書長張兆漢兼任局長，牛德勝、趙玉堂、張峰舒為副局長。張兆漢為局黨組成員，牛德勝為省人委辦公廳黨組成員。主要任務是為省人委領導機關、負責同誌、幹部職工以及業務工作服務。隸屬於福建省人民委員會辦公廳。
同年8月根據國務院5月3日直楊字第61號通知、（61）省編捷字第1737號文件精神，機構名稱更改為“福建省人民委員會機關事務管理局”，機構級別、編制不變，副局長增加祝增華同誌。
1962年10月，機構撤並為省人委辦公廳二處（財務處、房產管理處），副局長牛德勝任省人委辦公廳副主任，分工負責省直機關財務經費及房產管理等工作。局機關對外仍保留牌子。
1963年5月，由於任務的發展，管理局又單獨設立，名稱、級別均沒變，編制20人，內部增設汽車修配廠、招待所。
1964年4月，房屋基建處改為事業單位。局編制36人，行政23人，事業13人，設有辦公室、財務處、房屋管理處。副局長趙玉堂於1964年8月免職。
1965年5月，局長張兆漢免職，省人委辦公廳莊炎林副秘書長兼任局長，副局長張峰舒病故，祝增華免職，內部增設車管處。編制37人，行政25人，事業12人。
1966年~1967年，局長莊炎林免職，省人委辦公廳副秘書長劉捷生兼任局長。
1968年~1969年7月，撤並為省革委會總務組，此時正值“文革”期間，機關基本癱瘓。局裏工作由軍代表遊克玉主持，牛德勝副局長於1968年8月被下放清流縣。編制16人。
1970年8月，省革委會機關事務管理局重新恢復，機構壹級局待遇不變，安慶勝任局長兼黨組書記（組長），遊克玉、姚繼華、牛德勝為黨組成員（副局長），牛德勝為副局長。內設設置辦公室、政工組、財務組、機關組、房管組、車隊、修配廠、食堂、西湖賓館、湯井巷後區。編制29人。
1971年8月，局長安慶勝免職，張作人任局長兼黨組組長，左豐美、姚繼華、遊克玉、牛德勝為黨組成員。
1972年5月，黨組成員牛德勝病故，9月增加祝增華同誌壹人，副局長左豐美。
1973年，局長張作人免職，左豐美任局長兼黨組書記，祝增華為黨組成員。
1975年，局長左豐美免職，祝增華任局長兼黨組書記，丁屯、江琦、商建中、遊克玉、任德洪、尹忱之、賀如琪、夏博為黨組成員，丁屯、江琦、商建中為副局長。編制63人，丁屯主持工作。
1976年年~1977年，機構名稱更改為“省革委會機關事務管理局”黨組成員增加計應昌同誌。
1978年1月~1979年，局長祝增華於1979年9月免職，張作人任局長兼黨組書記，丁屯、江琦、商建中、王景閣為副局長。內部機構設辦公室、政治處、行政處、房管處、財務處。
1980年7月，局長張作人免職，酒玉琳任局長，副局長增加王則文（10月任命），副局長王景閣8月免職。
1981年5月，閩編（81）006號文批復，我局行政編制65人，事業編制20人，內設機構有：辦公室、黨委會、人事處、接待處、財務處、房管處、保衛處、總務處、車管處。下屬單位：西湖賓館、東湖賓館、溫泉賓館、車隊、汽車修配廠、省直屬機關幼兒園。
1982年，機構名稱更改為“省人民政府機關事務管理局”，祝增華7月任命為副局長，壹級局機構，編制不變。
1983年年2月機構改革以後，由壹級廳局機構降為二級副廳局級，隸屬省政府辦公廳領導，降格後原有的職能不變，相對還擴大了某些職能範圍，原有的職能範圍工作量也相對增加了。如：財務直供單位由原來的50多個增加到80多個；車管範圍增加到100多個；房管增加了二個大住宅區和壹幢寫字樓的直屬管理；相繼又增加了房地產開發業務。局長王則文，副局長祝增華（12月免）、商建中、計應昌（3月離休）、林斌魁、任德洪（10月任命）。
1984年，副局長增加高沛蒼、金堅（正處級待遇）。省直房地產開發公司成立。
1985年年7月，副局長增加余敏賜（正處級待遇），內部機構設置、編制不變。副局長高沛蒼、金堅5月免職。
1986年12月~1987年，副局長新增陳佑民（正處級待遇）。
1988年5月，局長王則文、副局長林斌魁免職，任命謝先文為局長，副局長增加盧象乾同誌（正處級待遇）。閩政辦（88）人字51號文批復省直房地產開發公司作為管理局直屬事業單位編制。
1989年1月，副局長盧象乾免職，局機關內部處室壹律撤銷科建制，總務處改名為公***設施管理處。閩政辦（89）人字07號文批復同意省直房產開發公司下設辦公室、財務計劃部、基建工程部、物資供應部、開發經營部等五個部室。
1990年8月，局長謝先文任命為福建省人民政府副秘書長兼任管理局局長，同年3月副局長增加陳樹泉。
1991年局長謝先文，副局長余敏賜、任德洪、陳佑民、陳樹泉，以上五人均為黨組成員，謝先文任書記，余敏賜任副書記。內設機構為辦公室、機關黨委、人事處、接待處、財務處、房管處、保衛處、公管處、車管處。
1992年5月謝先文局長免職，余敏賜任局長、黨組書記。6月副局長增加郭承焯；9月副局長陳佑民、陳樹泉二人免職，任德洪離休。
1993年9月增加副局長滕國際。
1994年局長余敏賜，副局長郭承焯、滕國際均為黨組成員。
1995年年12月副局長增加彭照杉、黃金琳，余敏賜、滕國際、郭承焯、彭照杉、黃金琳為黨組成員，余敏賜任書記。同年，9月滕國際任副書記。機構增設省直單位住宅制度改革辦公室。
1995年省級黨政機關機構改革，機構設置為辦公室、財政財務處、房地產管理處、車輛管理處、省直機關國有資產管理處、服務接待管理處、綜合管理處（保衛處）、人事教育處、機關黨委等九個處室。
1996年7月局長余敏賜免職，滕國際任黨組書記、局長，9月任施亞光為黨組副書記，10月施亞光任副局長。黨組成員由滕國際、施亞光、郭承焯、彭照杉、黃金琳組成。
1998年4月，滕國際任省政府副秘書長。
1999年年11月副局長郭承焯退休。
2000年8月，陳秀琴任副局長，副局長黃金琳免職。滕國際為黨組書記、局長，黨組副書記、副局長施亞光，副局長彭照杉、陳秀琴均為黨組成員。
2000年12月閩委辦（2000）187號關於我局職能配置、內設機構和人員編制規定，我局是負責省直機關事務工作的機構，為副廳級，歸省政府辦公廳管理。劃出省級大型重要會議接待服務工作的職能，劃出省級接待專戶會計核算管理的職能，新增省直機關政府采購工作，省直單位中央駐榕單位職工住房補貼經費的管理工作。滕國際為黨組書記、局長，黨組副書記、副局長施亞光，副局長彭照杉、陳秀琴均為黨組成員。內設機構為7個職能處室（均為正處級），分別是辦公室、財務管理處、房地產管理處（省直房改辦）、車輛管理處、國有資產管理處、綜合服務管理處（保衛處）、人事教育處、機關黨委。根據有關規定派駐局紀檢組與監察室合置辦公。人員編制為行政編制49名。紀檢、監察、機關工勤人員8名，離退休幹部工作機構及人員編制另行核定。
2002年7月，副局長彭照杉調任省政府辦公廳副主任，肖濟通任副局長。
2005年6月，因年齡原因，免去滕國際省政府副秘書長、省機關管理局黨組書記、局長職務，彭照杉任省政府副秘書長、省機關管理局黨組書記、局長。
2007年11月，任命武新生為局黨組成員、副局長。