1.應計入收入，但不應計入會費收入，而應計入捐贈收入。
根據《民間非營利組織會計制度》第五十八條中的定義，指出收入是指民間非營利組織從其經營活動中獲得的經濟利益或者服務潛力的流入，導致其當期凈資產增加。收入應按來源分為捐贈收入、會費收入、提供服務收入、政府補助收入、投資收入、商品銷售收入和其他收入。會費收入是指民間非營利組織根據章程收取的會費收入，捐贈收入是指民間非營利組織接受其他單位或者個人捐贈取得的收入。因此，根據定義，企業的投資應計入接受捐贈的組織的收入。投資不附加經濟條件的，應當在收到時計入收入。
2.可以直接計入管理費用，但我不推薦。
根據《非營利組織會計制度》第六十二條關於“管理費用”的解釋，指出包括非營利組織董事會(或董事會或類似權力機構)的費用和工資、獎金、住房公積金、住房補貼、社會保障費、退休人員工資和補貼，以及辦公費、水電費、郵電費、物業管理費、差旅費、折舊費、修理費、租賃費和無形資產攤銷等。其中，福利費應按民間非營利組織的管理權限和理事會、理事會或類似機構的規定如實收取。
同時，由於非營利組織壹般采用收付實現制，應付工資等應計項目的使用在壹般工作中被認為是非常繁瑣的，所以在實際操作中，大部分直接進入管理費用。但類似的賬戶是存在的，是為了反映財政資金的流向和物流情況，是為了以後審計提供方便而設立的。特別是，大多數非政府非營利組織需要事務所的審計報告進行年度審查，該賬戶可以方便註冊會計師進行審計。所以建議多留著，否則如果機構業務蒸蒸日上，面臨巨大的管理費用，從中找出工資等項目，是很煩人的。