在傳統的手工會計系統中，審計線索非常清晰，從原始憑證、記賬憑證、總賬、明細賬、匯總表到會計報表，每壹步都會有書面記錄，並由審核人簽字。審計人員可以從最初的會計憑證開始逐壹審查經濟業務，直至形成最終的審計結果。也可以采用反向檢查法，從會計科目余額開始，反向檢查直到原始憑證，這樣就形成了順序檢查法和反向檢查法等審計方法。
實施會計電算化後，審計線索發生了變化。會計數據的存儲介質和形式，會計數據的生成和傳輸形式都發生了變化。用存儲盤代替傳統的文字記錄和賬本，這樣原始數據的輸入和財務報表的輸出只能由計算機來完成。隨著傳統審計線索的消失，審計人員很難甚至不可能用肉眼跟蹤會計業務，也無法用傳統方法審查會計檔案數據的安全性、完整性和準確性。
傳統的審計方法並不完全適用於電算化會計系統。為了更有效地對會計電算化系統進行審計，應將審計要求納入財務軟件的系統設計和開發中，系統的各種數據文件應留下審計線索。除了保證會計數據文件的打印輸出外，會計數據文件還應以可審計的形式進行存儲和備份，例如，應保留應收賬款、應付賬款和其他經濟業務的詳細記錄，而不僅僅是更新的余額。
2.對內部審計技術和方法的影響
在手工會計系統的情況下，審計人員主要采用查帳、核對憑證、函電等手工操作，但這些手工方法在計算機化的系統下會失去作用，因為通過計算機數據庫輸出的數據是否正確主要取決於計算機，而不是審計人員本人。
復習壹般采用復習、核對、分析、比較、調查等方法，也是手工完成。雖然在計算機化的情況下，人工審查技術仍然是必要的，但計算機輔助審計更有效率。在掌握計算機知識及其應用技術的前提下，審計人員首先要檢查計算機化系統的可靠性，必要時使用專業軟件測試系統的穩定性和準確性，把計算機作為提高審計質量和效率的有力工具，不斷積累經驗。企業應采用審計軟件，如ERP軟件，這種軟件既規範，又具有充分保留和提供審計線索的功能，因為初始錄入憑證時就有記錄，更改或刪除時不在原記錄中更改，而是在另壹條記錄中反映。這樣，審計人員就可以發現同壹筆業務在什麽時候、由誰、在哪個職能部門做了什麽變動，每壹筆交易都有痕跡，為審計工作提供了線索和便利。
可以看出，新的內部審計已經涉及到信息技術與財務手段等多學科知識相結合的技術方法。因此，企業應根據財務制度和內部審計的需要，建立健全相關規章制度，規範審計方法和手段。
3.對內部審計師的影響
眾所周知，在人工系統中，審計人員依靠自身的經驗和專業知識，結合各種審計和檢查方法的運用，就可以達到目的。但是，使用會計電算化系統後，審計的各個環節都發生了很大的變化:審計線索、內容和技術手段都發生了變化，審計人員很難進行跟蹤審計，有些審計人員不熟悉會計電算化系統，無法識別和復核內部控制，因而無法參與審計工作。因此，審計人員不僅要具備豐富的會計、財務、審計知識和技能，還要熟悉相關的政策、法律和法規。他們還應具備壹定的計算機知識，對會計電算化系統有壹定的了解，對會計電算化系統中可能出現的錯誤和舞弊有清醒的認識。
重要的是審計人員不僅要熟練使用計算機進行審計，還要擴大知識面，參加高級計算機語言和計算機審計方法的培訓，如數據模擬檢測法、程序跟蹤法、程序編碼控制法等，使審計人員在必要時能根據實際工作的需要編寫自己的電算化審計系統，從長遠來看是非常必要的。
4.對內部審計內容的影響
電算化會計信息系統的內部審計內容應包括系統的開發設計、會計軟件流程、數據文件和內部控制的審計。審核員應在設計和開發階段參與計算機化系統的設計、調試、檢查和驗收。他們除了要及時發現制度的合法性、合規性、安全性、可靠性等方面的問題，還要特別從審計的角度審查制度的可審計性和審計線索的設置。