1、概念不同
內控是內部控制的簡稱，指壹般公司企業內部的控制運作。內部會計控制是指單位為了提高會計信息質量，保護資產的安全、完整，確保有關法律法規和規章制度的貫徹執行等而制定和實施的壹系列控制方法、措施和程序。
內審是內部審計的簡稱，內部審計之父索耶關於內部審計的定義是：對組織中各類業務和控制進行獨立評價，以確定是否遵循公認的方針和程序，是否符合規定和標準，是否有效和經濟地使用了資源，是否在實現組織目標。
2、範圍不同
內審以財務報告內部控制為主。內審的範圍，直接決定著審計的質量、成本和責任，決定著審計的可行性。但是以整個內控作為內審的範圍，既不明確，也不好把握，容易產生審計風險，審計的可行性會有問題。
3、性質不同
內審是企業外部對企業的內控，是會計師事務所對企業內部控制的有效性進行的審計，是壹種獨立的鑒證業務。內控是企業內部管理層對企業的內控評價，通常情況，授權內審機構對企業內控進行評價，是壹種相對獨立的服務業務。
4、責任主體不同
在實施審計工作的基礎上對內部控制的有效性發表審計意見，是註冊會計師的責任。企業內部控制責任是由企業承擔的，而內部控制審計責任是由註冊會計師承擔的。兩種責任的分離決定了企業和註冊會計師在分別實施內褲和內審的時候必須按照不同的規則獨立完成，兩者之間不能相互替代和免除。