1.如果不是壹般納稅人，應按照存貨的實際成本計入營業外支出。
2.如果是壹般納稅人，已按存貨實際成本計入應納稅額的進項稅額和存貨損失計入營業外支出。
如果虧損被稅務局認定，可以直接在所得稅前扣除。否則需要報稅務局批準允許稅前扣除，否則不允許扣除。
擴展數據:
存貨損失的會計處理
1.關於存貨損失的處理，會計制度規定:由於預見到存貨可能發生損失或達不到市場價格，出於會計上的“謹慎性”，企業應在期末計提存貨跌價準備，但在稅法上不予確認；對於正常的存貨損失，會計處理相當於稅法，直接從本年利潤中扣除。
2.存貨的非正常損失通過兩種方式直接從本年利潤中扣除，即自然災害造成的損失在扣除保險公司賠償後記為“營業外支出”，因管理不善造成的貨物被盜、黴變、變質等損失在扣除相關責任人員賠償後記為“管理費用”。
3.《企業財產損失所得稅前扣除管理辦法》(中華人民共和國國家稅務總局令2005年第13號，以下簡稱“13號令”)規定，財產損失分為自行申報扣除和經批準扣除兩種，因銷售、變賣和正常損耗形成的存貨正常損失，證據確鑿的，不需要批準。
企業當期可以申報扣除相關財產損失；可在企業所得稅前扣除的非正常存貨損失，僅指“自然災害、戰爭等政治事件或人為管理責任等不可抗力”造成的存貨損失。
4.關於增值稅，根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》第十條和《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》第二十二條規定，企業非正常虧損購進貨物的進項稅額，不得從銷項稅額中扣除。
企業在貨物非正常損失前已實際申報並抵扣所購貨物的增值稅進項稅額的，應當在貨物非正常損失發生的當期轉出該貨物的進項稅額。
參考資料:
百度百科-庫存損失