建設單位與總承包單位結算工程進度款時，按照工程進度款的壹定比例將農民工工資劃撥到農民工工資專用賬戶，並收到壹部分工程進度款時，應進行總承包單位的核算。
借方:銀行存款-總包商基本賬戶，
銀行存款-農民工工資專用賬戶，
應收賬款-建設單位所欠的部分工程結算進度款，
貸款:工程結算(總包與建設單位結算的進度款÷(1+9%))，
應交稅費-待核銷稅費(建設單位所欠工程結算進度款部分÷(1+9%))，
應交稅費-應交增值稅(銷項稅額)(總包收到的工程結算進度款部分(包括撥付到農民工工資專用賬戶的農民工工資)÷(1+9%)×10%)。
工程竣工驗收後，施工單位支付總承包單位所欠工程進度款時，進行總承包單位的核算；
借:應交稅金-待核銷稅金(建設單位所欠工程結算進度款部分÷(1+9%))，
貸:應交稅費-應交增值稅(銷項稅額)。
2.施工企業總承包商與建築勞務公司或建築專業分包商之間的會計核算:
施工總承包單位與建築勞務公司或建築專業分包單位結算工程進度款時，按照工程進度款的壹定比例通過農民工工資專用賬戶支付農民工工資，同時支付部分勞務款或建築勞務公司或建築專業分包單位的工程進度款時，拖欠另壹部分勞務款或工程進度款的核算。
(1)建築施工企業總承包方核算(勞務公司和專業分包商都開具增值稅專用發票)
借:工程建設-分包成本，
應交稅費-應交增值稅(待認證抵扣進項稅額)((支付部分分包商勞務款或工程進度款+通過農民工專用賬戶支付農民工工資)÷(1+9%)×9%)，
貸:應付賬款((施工分包合同中約定的部分逾期勞務費或工程進度款，待工程竣工驗收後支付)，
銀行存款-通過農民工工資專用賬戶支付農民工工資、
銀行存款——支付給分包商的部分勞務報酬或工程進度款。
施工企業總承包方認證抵扣增值稅專用發票時的核算；
借:應交稅費-應交增值稅(進項稅)，
貸:應交稅費-應交增值稅(待認證抵扣進項稅額)((支付部分分包商勞務款或工程進度款+通過農民工專用賬戶支付農民工工資)÷(1+9%)×9%)。
(2)勞務公司或建築分包商的核算
借:銀行存款——收到總包商支付的勞務費或工程進度款的部分，
應付賬款-通過總承包商支付民工工資、
貸款:工程結算((接收總包支付的部分勞務款或工程進度款+通過總包支付農民工工資)÷(1+9%))，
應交稅費-應交增值稅(銷項稅額)((總包支付的部分勞務款或工程進度款+通過總包支付給農民工的工資)÷(1+9%)×9%)，
應納稅額-待轉售的稅額(總包拖欠的部分工程款÷(1+9%)×9%)。
3.勞務公司或施工分包商與農民工勞務結算的核算:
借:工程建設-分包成本(農民工工資)，
貸:應付賬款——通過總包支付農民工工資。