(1)辦公室。
負責文電、會議、機要文件、保密、信訪、政務公開和信息服務的制度建設、綜合協調、監督檢查；承擔重大突發事件綜合應急管理相關工作。
(2)宣傳部。
制定農業宣傳工作的計劃和方案並組織實施；指導機關及所屬事業單位的宣傳工作；配合有關部門宣傳黨在農村的路線方針政策，圍繞農業農村工作的重點和中心任務組織專題宣傳報道；總結和宣傳農業和農村工作的重大舉措和典型經驗；承辦農業新聞發布和對外宣傳；配合相關部門管理附屬出版物；承擔委托宣傳的對外聯絡和內部協調工作。
(三)政策研究室(省級農村固定觀察點辦公室)。
承擔全省農業和農村工作的內部聯絡和綜合協調；組織調查研究，提出農業保護政策的意見和建議；參與對農業農村相關政策落實情況的監督檢查；承擔農村經濟社會發展預測和綜合統計；起草農業和農村工作、農村經濟和社會發展的綜合性文件；提出處理農村改革和發展重大問題的原則和措施建議；承擔省委農村工作領導小組辦公室的日常工作和中央農辦交辦的工作；指導全省農村固定觀測點工作。
(4)法律部。
承擔農業法制建設、農業行政執法能力建設和農業行政執法監督檢查工作；組織農業法律法規的宣傳和普及；指導全省農業綜合執法(相對集中行政處罰權)和農業行政許可工作；編制地方農業法律、法規和規範性文件的立法計劃並組織實施；參與國家有關法律、法規、規章和規範性文件的立法調研、起草和修訂；承擔本系統規範性文件的合法性審查和備案工作；承擔行政復議、行政訴訟、行政賠償等工作。
(5)發展計劃司(省農業資源司辦公室)。
提出支持農業和農村經濟發展的金融政策建議，制定發展戰略、中長期規劃和年度計劃並監督實施；引導農業資源合理配置，協調農業產業結構調整和綜合平衡；擬定農業固定資產投資、基地建設、技術改造等項目的規模和方向的規劃和計劃，提出省級財政支農資金安排的建議；負責各農業行業重點項目的綜合平衡、申報和審核，提出項目建議書並監督實施；指導農業資源區劃；參與農業綜合開發和基本農田建設項目管理。
(6)財務部。
提出農業和農村經濟發展的財政、稅收、信貸和保險政策建議；編制部門預算和決算並組織實施；負責機關及下屬單位財務會計制度建設、資金(資產)管理監督和績效評價；提出機關及所屬事業單位使用財政資金的建議並組織實施；負責機關及所屬事業單位農業預算資金、專項資金和項目資金的管理和安全；指導和監督所屬事業單位的財務、國有資產和政府采購管理；指導農業行業財務會計工作。
(7)審計局。
承擔委系統(機關及所屬事業單位)財務收支、資產負債、損益、所有者權益等經濟活動的審計；依法開展委系統(機關及所屬事業單位或農業系統)基本建設項目預算(概算)、結算審計和固定資產投資項目的事前、事中、事後審計；按照有關規定，實行內部機構領導下的事業單位經濟責任審計；承擔委托的企事業單位的經濟合同執行情況審查、經濟效益評價及相關審計工作；依法對內部經濟制度的執行情況進行專項審計調查和監督；協調和配合行業審計工作。
(八)農村經濟管理辦公室(農業產業化辦公室、茶業辦公室)。
提出促進農業產業化和茶產業發展的政策建議，擬定發展規劃和年度計劃並組織實施；提出穩定和完善農村基本經營制度的政策建議；指導農村土地承包、農地使用權流轉和承包糾紛仲裁管理工作；指導農業產業化經營和發展；指導農村集體資產和財務管理；指導和監督減輕農民負擔和村民籌資籌勞的管理工作；指導農業經濟行業協會的工作；參與農村綜合改革相關工作。
(9)新農村建設和社會發展部。
提出社會主義新農村建設和農村社會事業發展的政策建議，制定中長期規劃和年度計劃並組織實施；承擔全省新農村建設的綜合協調、監督和指導工作；組織新農村建設試點和示範建設；參與農村社會事業發展、基層組織建設、精神文明建設和民主法制建設；參與農民文體、農村“三位壹體計劃生育”、政府定點幫扶。
(10)科技教育司。
提出農業科技發展的政策建議，制定中長期規劃和年度計劃，並組織實施；承擔農業產業技術體系和農業技術推廣體系建設的相關工作；指導實施農業科技創新、技術推廣和重大農業科研項目，綜合協調農業產業技術開發、科技成果轉化和示範推廣；承擔農業科技成果管理、農業轉基因生物生產加工行政許可和安全監督管理工作；依法實施農業知識產權、農業動植物新品種保護和外來物種管理；指導農業職業教育、農民就業技能和農村勞動力轉移就業培訓。
(11)市場和經濟信息辦公室。
擬訂農業和農村經濟信息系統、大宗農產品市場體系建設規劃並組織實施；對大宗農產品和重要農資的流通和價格政策提出建議；監測和分析農業和農村經濟運行情況；承擔農業和農村經濟信息的收集、管理、發布和信息服務；組織大宗農產品國內經貿洽談、展覽和推介活動；協調菜籃子工程；指導農業農村經濟信息系統建設和農委門戶網站建設。
(十二)農產品質量安全監管部門。
承擔提高農產品質量安全水平的責任；會同有關部門制定農產品質量安全地方標準並組織實施；依法開展農產品質量安全風險評估；承擔農產品質量安全信息發布工作；負責農產品質量安全監測；承擔農業檢驗檢測體系建設和機構評估；依法對符合安全標準的農產品實施產地認定、產品認證和質量安全監督管理。
(13)農業生態和農村能源司。
提出農業生態建設和農村能源建設的政策建議，制定中長期規劃和年度計劃並組織實施；指導農村可再生能源綜合開發利用、農業生物質產業發展、農業農村節能減排和農業面源汙染控制；協調和監督農業用地、農業灘塗、農業濕地和農業生物物種資源的保護和管理；承擔農業生態環境監測、基本農田保護區環境質量監測，劃定農產品禁止生產區域；引導發展生態農業和循環農業。
(14)對外經濟合作辦公室。
組織協調國內外農業經濟技術交流與合作；收集和研究國內外農業信息和發展趨勢；擬訂農業利用外資和招商引資項目計劃，提出相關政策建議；指導外商投資農業企業發展，管理農業進口項目和農業援外項目；組織農業對外貿易談判、展覽和推介活動；負責農業系統的涉農外事工作。
(15)綜合種植部。
組織實施農產品生產發展相關政策措施，引導農業標準化和規模化生產；引導農業產業結構調整和產品質量提高；承擔耕地保護、改良和補償工作；指導重大種植項目建設；承擔基層縣農業信息調度和監測工作；組織農作物生產和救災，負責救災種子的儲存和調撥；依法實施農藥行政許可。
(十六)發展糧油作物。
提出糧油發展政策建議，制定發展戰略、中長期規劃和年度計劃，並組織實施；指導糧油生產的優化和標準化、規模化生產和產品質量的提高；負責落實良種和糧食補貼政策；承擔糧油生產中的救災工作；依法實施糧油作物種子行政許可；承擔省外進口糧油作物種子(苗)的檢疫審批；組織實施糧油作物基地和重大項目建設；指導農作物病蟲害防治體系建設和植物檢疫性有害生物普查；參與糧油產品質量安全監管。
(十七)經濟作物開發司。
提出發展經濟作物(蔬菜、水果、中藥材、糖料、蠶桑、草本花卉、食用菌等)的政策建議。)，制定發展戰略、中長期規劃和年度計劃並組織實施；承擔實施發展經濟作物的各項政策；引導經濟作物的合理布局和標準化、規模化生產；提出經濟作物分階段生產管理的建議；依法實施經濟作物種子(種苗)行政許可；組織實施經濟作物基地和重大項目建設；參與相關產品的質量安全監管。
(十八)畜牧獸醫管理辦公室。
提出畜牧獸醫事業發展的政策建議，制定發展戰略、中長期規劃和年度計劃並組織實施；組織預防和控制重大動物疫病；承擔畜牧獸醫調查和數據統計；承擔畜牧獸醫信息的收集、分析和發布工作；組織畜牧獸醫行業重大項目建設；參與畜產品質量安全監管；組織起草畜牧獸醫行業綜合性文件。
下設畜牧處、獸藥監察處、動物防疫檢疫處(重大動物疫病防控指揮部辦公室)、草業飼料處(省飼料工作辦公室)。
(十九)鄉鎮企業管理辦公室。
提出農產品加工企業發展和引導農民創業就業的政策建議，擬定中長期規劃和年度計劃並組織實施；承擔農產品加工企業的調查和數據統計；指導重大項目建設，促進農產品加工企業發展；組織起草農產品加工企業發展綜合文稿。
有農產品加工部和農村服務業發展部。
(二十)農業機械化管理辦公室。
提出農業機械化發展的政策建議，制定中長期規劃和年度計劃並組織實施；組織實施農業機械和工具購置補貼政策；承擔農業機械化調查研究、數據統計和信息發布；承擔農業機械化服務體系建設；指導重大農業機械化項目建設；組織起草農業機械化綜合性文稿。
有農機裝備部和農機監理部。
(21)漁業部。
提出漁業發展政策建議，制定中長期規劃和年度計劃並組織實施；指導漁業產業結構調整和合理布局，提出漁業投資計劃建議；承擔漁業資源的保護和合理開發利用；提出漁業防災減災和事故處置建議並組織實施；依法維護淡水管轄水域的漁業權益；依法實施漁業行政許可；指導漁業生產服務體系建設；指導漁業安全生產和水產品質量安全監管；承擔漁業政務信息的統計和發布工作。
(22)農墾管理辦公室。
提出促進農墾經濟發展的政策建議，制定中長期規劃和年度計劃並組織實施；提出農墾企業體制改革方案並監督實施；承擔農墾企業國有資產和財務監督管理；指導全省農墾企業和農墾經濟的發展；擬定全省亞熱帶作物發展規劃；指導農墾企業資源綜合開發利用。
(23)人事部。
負責機構設置、人事管理、勞動工資、教育培訓，並指導下屬事業單位的上述工作；會同有關部門制定農業系統人才隊伍建設規劃並指導實施；組織開展農業系列專業技術職務資格認定和農民技術職稱評審推薦工作；參與農村實用人才培訓項目和農村勞動力轉移就業培訓；承擔農業行業技師職業技能鑒定和技術等級評定工作。
機關黨委負責省農委(省農委)及下屬企業(事業單位)的黨群工作；負責目標績效管理和計劃生育工作；參與農村基層組織建設。設立機關黨委辦公室。
離退休幹部辦公室(副廳級)負責省農委(省農委)機關離退休幹部工作，指導所屬事業單位離退休幹部工作。離休幹部1名，退休幹部2名，退休幹部3名。
紀檢監察機構省紀委派駐省農委紀檢組，省監察廳派駐省農委監察室，與省農委紀委合署辦公。省農工委紀委設有紀檢監察室(與派駐監察室合署辦公)和案件審理室，行政編制8人。其中，紀檢組組長(省農工委紀委書記)1，紀檢組副組長(省農工委紀委副書記)1，監察室主任1，案件審理室主任1。