1938年，在敵機輪番轟炸聲中，蕭嘉魁隨校到達蒙自的西南聯大繼續學業。1939年在昆明完成學業，獲法學學士學位。同年留校任教。
1941年長子紹展在萍鄉出生。產後兩個月，妻吳純周攜幼子赴昆明與蕭嘉魁團聚。戰爭年代，冒著炮火硝煙，壹個柔弱的女子懷抱嬰兒，行程達千裏，壹路上常見汽車翻下山溝起火，象烏龜倒翻四輪朝天……軍人、平民死傷無數，橫陳路邊……她就是從這地獄般的境地走了過來。
1942年，蕭嘉魁以助教身份登講臺開課，破除了清華大學助教不能登講臺授課的舊規。好奇的朱自清壹次走到他授課的窗外聽了壹會，被他的講義吸引，對他深懷好感，向他的導師陳岱孫豎起大拇指說：“陳先生的高足蕭嘉魁了不起。”
那時，國家處在抗日戰爭最困難時期，大學教工生活都十分困難。蕭嘉魁壹個年輕教師，且又拖家帶口，為解決家計，他兼任昆明茶場會計，結束茶場從不做賬的歷史，為茶場立了資金投入、生產出納、和成本利潤等會計科目。後因教學工作太忙，從茶場辭職。改任中國科學院工程研究所周子敬所長開辦的煉鋼廠（昆明鋼廠）會計。
1944年次子，紹博在昆明出生。
1945年，抗戰勝利，聯大北遷，隨校返回北平清華。
1946年底，經考試，獲第二名。清華大學選泒其赴美國紐約哥倫比亞大學研究院留學。關於赴美留學，他在本人的自傳裏寫道：“1947年1月初，我乘美國船戈登號離滬，經過13天多橫越太平洋至美國舊金山，旋搭火車經洛杉磯、芝加哥至紐約。恰好是1月底，當即往哥倫比亞大學研究院經濟學系辦好入學手續。”2月初即進入緊張的學習和研究課程。在哥大研究院，他主修經濟理論，兼修統計學，同時還對美式會計學進行深入學習和鉆研。課程很多，研究任務很重。為了不虛此行，真正取到西方發達國家經濟管理的“真經”將來回國服務，蕭先生利用假期赴華盛頓美國商務部學習國民收入的估算方法。
1948年，他撰寫的碩士論文《凱恩斯經濟思想詮釋》（英文稿）獲導師高度評價，被校方定為後補博士生。
1949年，通過碩士論文，通過考試認定繼續研讀博士學位。
這年暑期，經唐敖慶介紹接識楊振寧。壹天午後，唐敖慶來叩門，高聲叫他：“老蕭，把書放下，楊振寧來了！”楊振寧買了壹輛二手車，找到好友唐敖慶邀他出去玩。蕭嘉魁來美國快三年了，除了本校的中國同學，外校的，他壹概沒有接觸。楊振寧他不認識，便有點猶豫。
唐敖慶對楊說，我還有壹個好友蕭嘉魁……
楊說，西南聯大時就聽說過他。說道起來早就是校友，風流倜儻的楊振寧來請他，楊開車，於是三個人從紐約出發。車駛上高等級公路，往華盛頓方向開去，壹路風光，就近遊了三天，看了幾所美國大學，哈佛、耶魯、加州理工、霍普金森等世界知名大學，蕭先生對同行感動地說：“中國要是有幾所這樣的大學就好了！”
同年10月1日，在中華人民***和國成立的當天，消息傳到美國紐約，愛國的留學生爭相傳告，倍受鼓舞，哥大中國大留學生聯合會，組織的慶祝中華人民***和國成立野餐會。這次野餐會在紐約中央公園舉行，蕭嘉魁、徐光憲、何茲全、汪明禹、劉靜和等壹幫學人，圍坐壹圈，或吃或笑。有人還特意做了壹塊大大的“勝利酒家”的牌子放在中間，喜悅之情溢於言表。1949年10月,他和其他進步中國留美學生組織在紐約國際學生公寓舉辦了慶祝中華人民***和國成立大會，並向聯合國發了簽名通電，要求接納新中國代表參加聯合國大會，驅逐國民黨政府的代表。