BOT項目包括成立專門的項目公司經營和非專門項目公司經營兩種經營方式。對於非專門項目公司經營的會計核算主要涉及：(1)初始計量。BOT項目在建設期主要有兩種建設方式：自行施工和外包施工。自行施工可歸入“在建工程”核算，建成後達到預定可使用狀態時，從“在建工程”轉入“無形資產”；外包施工可按建造合同處理，竣工驗收達到預定可使用狀態時，從“在建工程”轉入“無形資產”。要註意的是，須考慮合同規定的移交範圍來確定應計入無形資產的成本。屬於移交範圍的設施及其不可分割、或分割後無獨立價值的附屬物均應計入無形資產成本；不屬於移交範圍，能與移交設施分離，且分離後具有獨立價值的設施可計入長期待攤費用核算。(2)後續計量。非專門項目公司的經營方式中BOT項目可以是“主營業務”也可以是“其他業務”，相應的收入和支出應相應計人“主營業務收入”、“主營業務成本”或“其他業務收入”、“其他業務成本”中核算。此外，BOT項目在運營期可能會增減壹些設備，主要包括兩類：壹類是不屬於BOT項目設備或其附屬設備，而屬於與營運有關的設備，即不屬於移交範圍設施；另乙類是屬於BOT項目設備或其附屬設備，即屬於移交範圍設施。第壹類設備的增減應視同公司自有資產的增減，按各自的資產屬性：遵循“存貨”、“固定資產”核算。第二類設備的增減，主要有以下兩種情況：BOT設施中有些設備的使用壽命短於特許經營期，如果這些設備報廢造成了無形資產賬面價值的減少，可以通過“無形資產減值”進行核算。而對原有設備更新、維修，或增加設備以維持該項目經營的支出涉及到該項資產的價值，最終要無償移交，並且經營公司吏關註的是投資的收回，所以這些支出只能在剩余的特許經營期內攤銷。因此，這些支出可以看作是“為維持特許經營權而發生的必要支出”，如果發生的金額不大可以直接費用化，如果發生數額較大，可考慮列入“長期待攤費用”，在剩余的特許經營期內合理分攤。(3)攤銷，BOT項目攤銷時應考慮實際情況和投入資金的收回。攤銷年限應以特許權經營期為限，壹般不應長於特許經營期。由於“無形資產”的攤銷不需要考慮凈殘值，所以特許經營期滿將BOT項目無償移交時，不存在殘值與無償移交的沖突。(4)BOT項目的移交。由於在特許經營期已經將列入“無形資產”的移交設施進行分期攤銷且殘值為零，因而只要進行實務移交即可，不需作會計處理。
對於專門項目公司經營的會計核算，主要涉及：(1)初始計量。此處較“非專門項目公司經營”多壹項投資成立專門的項目公司時的會計處理；投資者的會計處理借記“長期股權投資”，貸記投入的資產科目。項目公司的會計處理借記接受的資產科目，貸記“實收資本”(或“股本”)。建設期的會計處理同“非專門項目公司經營”建設期會計處理。(2)後續計量。在專門的項目公司中BOT項目是“主營業務”，相應的收入和支出計入“主營業務收入”、“主營業務成本”。其余後續計量同“非專門項目公司經營”。(3)攤銷及BOT項目的移交同“非專門頃目公司經營”。
值得壹提的是，BOT項目特許經營期滿時，項目公司向政府移交的並不是項目公司的全部資產，僅僅是特許經營合同所約定的項目設施，其已在特許經營期攤銷完畢，其賬面凈值為零。初始投入的資本已經由特許經營期的現金流收回，投資收益已由特許經營期每年的利潤(或虧損)反映，因此項目設施的移交並不影響項目公司的總資產和凈資產。