研究開發費用的加計扣除的財務處理方式，應分兩個階段進行：?
1、研究開發費用未形成無形資產 對於未形成無形資產的研究開發費用，應當計入當期損益，在按規定實行100%扣除的基礎上，在計算應納稅所得額時，再按研究開發費用的50%加計扣除。
2、研究開發費用形成無形資產
形成無形資產的研究開發費用，則屬於資本化支出，構成無形資產成本，應允許加計後作為無形資產的成本，按照規定攤銷，也就是說形成無形資產的研究開發費用，按無形資產成本的150%從無形資產使用的月份起，按其使用壽命平均進行攤銷。
研究開發費用加計扣除的方式，有兩種方式可供選擇。
第壹種方式：是按企業會計準則規定，將構成無形資產的研究開發費用總額的100%轉入無形資產，在規定的使用壽命內平均攤銷；待納稅申報時，再按年攤銷額的50%在稅前加計扣除，在納稅申報環節享受所得稅的優惠。
第二種方式：是按企業所得稅法規定，將構成無形資產的研究開發費用總額的150%，直接轉入無形資產成本，同時將加計的50%成本的攤銷額提前計入企業研發年度的凈利潤。在會計核算時，按使用壽命進行平均攤銷，將加計後的攤銷額直接計入成本費用，不需要再進行納稅調整，從會計核算上享受了稅收優惠。