1、公司回購的股份可以作以下處理：
（1）選擇註銷。公司購回本公司股票後，如果註銷該部分股份，必須在十個工作日內完成，並向工商行政管理部門申請辦理註冊資本的變更手續；
（2）作為庫存股保留。如果是作為庫存股，必須在十個工作日內完成登記手續。
2、法律依據：《中華人民***和國公司法》第壹百四十二條
本公司股份的收購及質押公司不得收購本公司股份。但是，有下列情形之壹的除外：
（壹）減少公司註冊資本；
（二）與持有本公司股份的其他公司合並；
（三）將股份用於員工持股計劃或者股權激勵；
（四）股東因對股東大會作出的公司合並、分立決議持異議，要求公司收購其股份；
（五）將股份用於轉換上市公司發行的可轉換為股票的公司債券；
（六）上市公司為維護公司價值及股東權益所必需。
公司因前款第（壹）項、第（二）項規定的情形收購本公司股份的，應當經股東大會決議；公司因前款第（三）項、第（五）項、第（六）項規定的情形收購本公司股份的，可以依照公司章程的規定或者股東大會的授權，經三分之二以上董事出席的董事會會議決議。
公司依照本條第壹款規定收購本公司股份後，屬於第（壹）項情形的，應當自收購之日起十日內註銷；屬於第（二）項、第（四）項情形的，應當在六個月內轉讓或者註銷；屬於第（三）項、第（五）項、第（六）項情形的，公司合計持有的本公司股份數不得超過本公司已發行股份總額的百分之十，並應當在三年內轉讓或者註銷。
上市公司收購本公司股份的，應當依照《中華人民***和國證券法》的規定履行信息披露義務。上市公司因本條第壹款第（三）項、第（五）項、第（六）項規定的情形收購本公司股份的，應當通過公開的集中交易方式進行。
公司不得接受本公司的股票作為質押權的標的。
二、有限責任公司在哪些情況下股東可以請求公司回購股東股權
有限責任公司在以下情況下股東可以請求公司回購股東股權：
1、公司連續五年不向股東分配利潤，而公司該五年連續盈利，並且符合本法規定的分配利潤條件；
2、公司合並、分立、轉讓主要財產的；
3、公司章程規定的營業期限屆滿或者章程規定的其他解散事由出現，股東會會議通過決議修改章程使公司存續的。