壹，核算基礎有差異。
事業單位會計核算大多還以收付實現制為核算基礎，財政部針對采取權責發生制基礎核算的事項進行具體的規定；企業會計核算運用權責發生制則是歷來的原則。會計核算基礎不同的話，那麽會計核算中收入和支出反應的內容則大不相同，事業單位的收入核算類似於大雜燴，將其事業收入、上級補助收入、附屬單位上繳收入、財政部處收入和經營收入都納入壹個賬戶，支出則核算了事業支出、上繳上級支出和對附屬單位補助支出以及經營支出，企業單位收入核算要以收入確認條件為原則，是企業在日常經營活動中形成的那些和所有者投入資金無關的引起所有者權益增加的經濟利益的流入，包括其商品銷售收入、提供勞務收入、租金收入、利息收入和營業外收入等等，企業支出建立在和收入配比的原則下，是日常經營活動中發生的，和所有者投入資本無關的引起所有者權益減少的經濟利益的總流出，配比原則要求將當期計入但是以後期間支出的成本都劃入其中。
二，會計平衡等式意義不同。
事業單位會計等式區分為年度中間等式和期末等式，年度中間等式表達為：資產+支出=負債+凈資產+收入，期末等式可以表達為：資產=負債+凈資產。事業單位的會計等式是動態的，隨時反應事業單位的運營情況、資金狀況和凈資產的增值狀況，事業單位很多資金依然來自於上級撥付，所以動態等式非常重要，可以隨時監督和控制各項支出的耗費情況。企業會計等式與此類似，但是企業常年按照資產=負債+所有者權益進行會計等式表達，這是壹種靜態反應方式，是對企業會計要素之間的數量關系和企業資產的權利歸屬的壹種直觀地反應，它表明了企業和所有者之間是相互獨立的，企業會計等式是企業進行資產負債表編制的理論基礎。
三，財務成果計算方法大相徑庭。
事業單位財務成果劃分為事業結余和經營結余兩個部分，其中事業結余核算事業收入和事業支出之間的差額，經營結余核算經營收入和經營支出之差，這意味著事業單位的財務成果和凈收入是壹致的，如果有結余的話期末要轉入非財政補助結余分配賬戶之中去，如果有虧損的話就不予結轉。企業單位用利潤來核算壹段期間內的經營成果，表現為主營業務收入-主營業務成本-營業稅金及附加+其他業務收入-其他業務成本-銷售費用-管理費用-財務費用-所得稅費用的整體結果。企業壹般按照月份進行經營成果的結轉，按照年度進行核算。
四，會計報表差異明顯。
事業單位會計報表涵蓋了資產負債表、收入支出表、財政補助收入支出表和附註等內容。事業單位財務報表反映了其在某個特定日期的財務狀況和某壹特定期間的經營成果，是對其經營和預算執行等會計信息的綜合反映，是事業單位加強自身經濟管理的重要途徑和手段，財政部門應該對事業單位的預算進度有深入地把握，提升其預算管理質量。企業單位的會計報表主要包含資產負債表、利潤表和現金流量表以及附註，報表對企業的財務狀況、經營成果和現金流量直接反應，幫助利益相關者進行合理的經濟結構決策。