作為壹個會計個體存在的分支機構，往往要設置壹整套賬簿，用來記錄從公司總部收到的營運資金和商品存貨，以及對外發生的購貨、銷貨、應付賬款、應收賬款、費用等等，並定期編制會計報表，向公司總部報告。會計科目的名稱與編號、會計報 表的內容與格式，以及內部控制制度和會計方針，壹般由公司總部事先規定。分支機構應予入賬的會計事項，應是分支機構經理能夠控制因而可以負責的各種資產、負債、收入和費用，諸如應收賬款和銷售費用等等。至於分支機構經理不能控制的各種資產、負債、收入和費用，諸如固定資產和折舊費用等，往往集中在公司總部進行核算和管理。
設立分支機構時，在公司總部和分支機構賬上都應加以記錄。在分支機構賬上應 專門設置壹個“公司總部往來”賬戶，凡收到總部撥來的現金、商品存貨或其他資產時，均貸記該賬戶，凡向總部撥回現金、商品存貨或其他資產時，則借記該賬戶，每屆結賬時，分支機構所獲得的凈收益或凈損失都轉入該賬戶的貸方或借方。在公司總部賬上則要設置壹個對應賬戶“分支機構往來”，該賬戶的借方記載所有撥付給分支機構的現金、商品存貨或其他資產，貸方記載由分支機構撥回的現金、商品存貨和其他資產，每屆結賬時，公司總部根據分支機構報來的財務報表，將其凈收益或凈損失記入該賬戶的借方或貸方。如果壹個企業有許多分支機構，公司總部可以設置壹個控制賬戶，在控制賬戶下再按分支機構設置明細賬戶。這兩個賬戶的核算內容可列示如下： 分支機構往來
轉移給分支機構的資產從分支機構收到的資產
分支機構的凈收益 分支機構的凈損失 公司總部往來
轉移給公司總部的資產 從公司總部收到的資產
分支機構的凈損失 分支機構的凈收益
可以看到，上述兩個賬戶記錄的內容是相同的，只是方向相反。從分支機構立場看，“公司總部往來”既可看作所有者權益賬戶，也可看作負債賬戶；從公司總部立場看，“分支機構往來”既可看作長期投資賬戶，也可看作應收項目賬戶。如果兩個賬戶都及時記賬,其余額應是壹致的。由於分支機構是企業的壹個組成部分，公司總部在編制財務報表時，必須將本身的會計報表與分支機構的會計報表匯編合並。匯編公司總部與分支機構財務報表的程序，類似於母子公司合並報表的編制，相互對應的 “公司總部往來”與“分支機構往來”賬戶應相互抵銷，不出現在匯編財務報表中。
在大部分情況下，分支機構的商品存貨往往由公司總部集中購買，再發交給分支 機構。有些情況下，公司總部也授權分支機構向外購買部分商品存貨。當分支機構向外購買部分商品存貨時，其賬務處理程序同壹般的商品購銷業務會計處理壹樣。當公司總部購買商品存貨，再發交分支機構出售時，發交給分支機構的商品存貨可以按成本計價，也可以按高於成本即成本加成或零售價計價。計價方法的不同，既會影響發 交分支機構商品存貨記賬的金額，同時也會影響匯編財務報表的編制程序。公司總部與分支機構對商品存貨的核算既可采用定期盤存制，也可采用永續盤存制。如果采用定期盤存制，在公司總部賬上應設置“發交分支機構存貨”賬戶，該賬戶是“購貨”賬戶的備抵賬戶，在分支機構賬上應設置“公司總部發來存貨”賬戶，該賬戶實質上是分支機構的“公司總部購貨”賬戶。由於這兩個賬戶具有相對性，故在編制匯編財務報表時應加以抵銷。如采用永續盤存制，對於公司總部與分支機構間轉移商品 存貨的交易，可直接記錄有關存貨賬戶，不需再設上述對應賬戶。 1、分支機構無註冊資本，需在註冊信息部分備註，如“目標公司是壹家有限公司分公司，無註冊資本，其總公司為：****有限公司。”；
2、法定代表人在分支機構中壹般也叫做負責人；
3、分支機構無股東，對應的是總公司，在敘述業務的時候要準確描述；
4、分支機構也屬於非獨立法人，是不具有企業法人資格，也壹般不會有獨立的財務核算部門，但也有例外，如沈陽機床股份有限公司中捷鉆鏜床廠。