另外，在會計電算化系統中，會計信息以集中處理為主，任何壹個崗位的差錯，都會影響到整個系統的安全。
會計電算化系統操作運行的管理包括對操作人員的管理，對操作過程的規範，以及審核、備份及操作日誌等方面的管理。這些方面構成會計電算化系統操作運行的管理。
（壹）對操作人員的管理對操作人員的管理分為操作人員資格的認定和賦權兩個方面。
1.操作人員資格的認定。
操作人員資格認定辦法壹般應由企業財務會計部門制訂。會計人員（包括電子計算機專業人員）因工作需要上機操作，必須經財政部門考核組考核合格，頒發“計算機操作證”或“會計電算化操作證”，持證上機操作。考核不合格或無證者不準上機操作。進行操作人員資格認定是從根本上保證上機操作人員的技術水平，保證系統正常運行的措施，能有效防止上機操作人員因操作技術不合格、不具有壹定水平的技能而誤操作造成差錯、損失。
2.賦權。
根據《會計電算化管理辦法》的有關規定，軟件應具有防止非指定人員擅自使用和對指定操作人員實行使用權限控制的功能。在實際工作中，除在會計核算軟件技術上加密外，還應在管理上進行分工，分別要對系統管理員、數據錄入員、審核記賬員、會計報表編制人員、會計賬簿打印輸出操作員、各專項功能模塊操作員和其他會計業務操作員的操作權限給予界定，防止越權操作所引起的數據丟失、紊亂和泄密現象出現。
（二）操作規範必須嚴格按照《會計電算化系統工作流程》完成各項工作。必須以自己的真實姓名進入會計電算化系統，按要求填寫日期。操作員口令、操作內容、操作起止時間和運行情況，根據指定操作人權限的指令進行操作，不得進行違反規範的操作。所有上機作人員必須登記所有上機操作情況。在操作過程中發現問題應及時向系統管理員報告。問題的現象、處理過程、處理方法。處理結果等都應有明確記錄。對於嚴重或重大運行故障，除應按規定登記外，還應向單位負責人報告。工作完畢後應及時退出系統，以免他人利用系統進行其他操作。不得將自己的口令泄露給他人，並定期修改自己的口令。啟動系統時按要求順序開機，結束工作後按規定順序關機。
會計電算化系統的硬件設備和軟件由財務部門統壹管理和使用，其他部門人員壹般不得使用，確需使用時必須經財務部門有關負責人批準，並確認不影響會計電算化的正常工作壹經批準的其他部門人員操作時必須進行操作登記，並在上機登記表上註明批準人姓名和批準時間。任何人不得玩計算機遊戲，不得用於對外服務。為了避免計算機染上病毒，所有軟盤必須進行病毒檢測，若有病毒殺毒後才可進行其他操作。為了保證硬件安全，不得帶電拔插任何接口線路，包括打印電纜線插頭、顯示器電纜線、鍵盤插頭等。不得進行未作登記記錄的硬件或軟件維護工作。
（三）審核
1.輸入前審核。審核原始憑證的合理、合法性即是否有經辦人、驗收人、主管領導簽字。采用手工編制記賬憑證的，要審核手工憑證是否符合會計制度要求，借貸關系是否平衡，未經審核的記賬憑證不準輸入；其他會計業務及數據應事先預審。
2.輸入後審核。不論是采用直接在計算機上編制記賬憑證，還是經審核輸入的手工編制記賬憑證，在打印記賬憑證之前，審核員對機內的記賬憑證必須嚴格審核，確保與手工記賬憑證或原始憑證完全壹致，審核無誤後簽章。在打印輸出記賬憑證後，審核員仍要對記賬憑證的日期、業務內容及摘要、借貸分錄、金額、數量等嚴格把關，無論何時，發現不合法的或出現差錯的憑證應及時退回經辦人員妥當處理。
3.每周對所有憑證、報表等進行壹次復查，確保數據正確無誤。
（四）備份在手工會計中，所有會計資料如會計憑證、會計賬簿和會計報表等均是以文字的形式存放在紙介質中。由於紙介質中存放的信息具有較高的安全性和穩定性，另外把紙介質中的信息制作副本也非常費時費力。因此為了保證會計信息的安全，通常采用的方法是加強對紙介質中的信息的保護，很少采用制作副本（備份）的方法。在會計電算化系統中，由於會計信息存儲的介質主要是磁盤等磁性介質。而磁性介質中存放的信息相對不穩定，安全性較差；但另壹方面，磁性介質中存放的信息可以非常方便地制作副本，也就是備份。所以實現會計電算化以後，對會計檔案進行備份就成為常規的，也是必要的管理手段了。
備份時間，也稱備份時間間隔。備份的目的是防止會計檔案的意外丟失。由此，備份分為永久性備份和臨時備份。永久性備份是指備份產生的副本需長期保存。臨時性備份是指備份產生的副本只是暫時保存。永久性備份主要在每個會計期間核算完成時進行，壹般應制作兩到三個副本，存放在不同的地方，以防意外。臨時備份通常在每天或每段工作完成時進行。臨時備份可采用A、B備份法。所謂A、B備份法是指按需備份數據量準備兩組磁盤，分別標為A組和B組。第壹次用A組磁盤備份；第二次用B組磁盤備份；第三次再用A組磁盤備份；第四次用B組磁盤備份……依次類推。這種方法的優點是在不增加備份工作量的情況下提高了備份數據的安全性。備份的軟盤應存放在安全地點。壹般應具備防盜、防磁、防潮、防熱、防汙染等功能。
（五）操作日誌。
操作日誌壹般包括：開機時間、操作內容、調用功能、硬件運行狀況、軟件運行狀況、關機時間和操作人簽字等。通過操作日誌，除了可以掌握會計電算化系統的運行狀況，培養增強操作人員的責任心，更重要的是通過操作日誌，反映壹定時期計算機硬件與軟件使用情況，為計算機維護人員提供第壹手資料，以便制訂維護計劃及措施。