中小企業具有規模小、投資少、經營方便、資本實力薄弱、融資渠道單壹、經營靈活等特點。中小企業在引入會計電算化過程中必然會遇到壹些問題，主要表現在以下幾個方面。1.缺乏對會計電算化重要性的認識從當前情況來看，國內中小企業對會計電算化認識存在較大誤區，對其重要性缺乏深入、正確的認識，沒有認識到會計電算化對促進企業發展的重要意義。不少中小企業主認為，會計電算化是壹種新的會計管理方式，實現了紙質化向電子化的轉變，有助於工作效率提升。但是對會計電算化促進企業財務管理水平提升的作用認識不足，中小企業的投資資金也較少。大多數中小企業處於壓縮成本考慮，不願意在會計電算化方面投入太多資金。另壹方面，由於壹直以來中小企業財務管理工作者思維定勢，對會計電算化持抵觸情緒，不願意主動去學習和接觸新鮮事物，對會計電算化持質疑態度，這對會計電算化發展產生了較大阻力。2.會計電算化內部控制制度不健全實施會計電算化之後，會計人員的工作內容、職責也發生了較大的調整和變化。大多數中小企業對會計電算化背景下責任劃分、崗位分工、工作責任、信息安全、系統管理等制定明確的管理制度。壹些中小企業沒有建立完善的電子化財務管理制度，這對會計電算化發展形成了較大制約。
三、財務人員會計電算化知識缺失
會計電算化對財會工作人員專業素質提出了更高的要求。對中小企業財會人員而言，其會計電算化操作能力相對較低。壹方面，中小企業財務人員專業素質較低，不能嚴格實行持證上崗制度，許多工作人員實際上並不具備職業資格。即使有上崗證的會計人員，對會計電算化的了解程度也較低。另壹方面，中小企業由於經營效益、薪酬水平限制，不能招聘高素質財會人員。工作人員對會計電算化了解不夠深入，即使聘請了專業的會計電算化人才，也不能解決實際問題