第壹代健康管理師證書由勞動和社會保障部(後為人力資源和社會保障部)鑒定頒發，證書上加蓋了勞動(人社)廳的章。
第二代是國家衛健委組織的鑒定認證，證書上印有衛健委的印章。
第三代從2021、1開始實施，人力資源和社會保障部衛生健康委員會全面退出健康管理師的鑒定認證，由人力資源和社會保障部認可的第三方社會評價機構頒發職業技能等級證書，壹般印有XXXX學校或XXXX院校或XXXX公司或XXXX商協會。