公司註銷後，憑證可交由終止單位的業務部門或產權人保管或交由相關檔案館保管。不能擅自銷毀。《會計檔案管理辦法》(財會字(1998)32號)第十三條規定，單位因撤銷、解散、破產或者其他原因終止的，終止、註銷登記手續前形成的會計檔案，由終止單位的業務部門或者產權人委托或者移交有關檔案館代管。法律、行政法規另有規定的，從其規定。
法律客觀性:
壹、分公司註銷的會計處理1。分公司不具有獨立法人資格，其對外債權債務全部由總公司承擔。但是，壹般來說，分行在業務上是相對獨立的。註銷時，總行應進行清算，接收其資產、債權和未清償債務。通過清算形成清算報表，確認損益，並報當地主管稅務機關批準，總機構據此進行相應的賬務處理。2、總行以合並報表形式，用其凈資產(損失)與總行賬面撥款抵銷並確認損失。同時，應承擔的債權債務應並入總行賬戶。3.損失確認時涉及到總公司和分公司的所得稅，所以要聯系稅務機關(尤其是總公司)。2.分公司註銷流程是怎樣的？1.公司撤銷或者公司決定撤銷分公司的，應當自撤銷決定作出之日起30日內向分公司的公司登記機關申請註銷登記。2.取消國、地稅登記證需要國、地稅登記證、國、地稅所有稅種的相關材料和公章進行備案。3.清算組應當自作出撤銷決定之日起05日內成立。公司備案申請表(清算組負責人簽字)、指定代表或委托代理人的證明(加蓋公司公章)、股東會關於成立清算組的決議(全體股東簽字)復印件。4.清算組應當自成立之日起10日內通知債權人，確保債權人的合法債務得到履行。5.發布註銷公告，並於60日內在報紙上至少公告三次。6.清償分公司債務，到稅務部門辦理完稅證明。7.填寫註銷登記申請書，提交登記文件、證件，按約定日期領取核準通知書，註銷基本存款賬戶，包括公司營業執照原件(部分銀行需要工商、代碼、國稅、地稅全套證件)、開戶許可證、印鑒卡、印鑒卡等銀行相關材料及註銷申請書。三。分支機構註銷需要備案嗎？1.分支機構註銷需要備案。總機構應在分支機構稅務登記註銷後15日內，將分支機構註銷情況報當地主管稅務機關備案，並辦理稅務登記變更。註銷登記的相關材料由關聯公司決定並簽署。提交材料原件，提交復印件的，應註明“與原件壹致”並加蓋公司公章。材料準備好後，提交工商登記機關。材料符合要求的，可在2個工作日內完成註銷登記。2.註銷分公司登記核準後，公司憑《註銷分公司登記核準通知書》到公司登記機關辦理註銷分公司登記。同時也要在技術監督局註銷企業代碼證。