雖然高新技術企業享受15%的優惠稅率，但超過500萬元的技術轉讓收入，應按25%的稅率減半征收，而不是按15%的稅率征收。
在計算應納稅所得額時，企業財務會計處理方法與稅收法律法規規定不壹致的，應當按照稅收法律法規的規定計算。
例如，職工福利費的範圍與財務部和稅函中的相關規定不壹致，而國家稅務總局在回答有關稅收的問題時明確，按照稅函中的文件處理所得稅；在賬務處理上，按財政部文件執行。不壹致的，按照稅法的標準執行。
在實踐中，還必須註意稅法優先原則在其他方面的體現。比如合同中寫明股權轉讓產生的個人所得稅由個人承擔，但對方承擔這部分費用。實際操作中，如果沒有繳納個人所得稅，稅務部門還是會找人承擔責任的。
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