企業財務報表審計的主要方法包括：
壹、檢查。檢查是指審計機構或審計人員對被審計單位提供的會計報表審計材料（包括會計報表、會計憑證、會計賬簿等）進行檢查，其目的是對會計報表所包含信息的真偽進行求證，為後面的審計工作進行奠定基礎。
二、觀察。觀察指審計機構或審計人員察看被審計單位相關財務人員正在從事的活動或者工作。通過觀察，審計人員可能會發現壹些企業會計處理工作中的不當環節，從而為企業會計工作處理提供壹些可行化建議。
三、詢問。詢問指審計機構或審計人員以書面（或口頭）的方式，向被審計單位的相關人員獲取相應審計材料，並對其答復進行評價的過程。在大多數情況下，被審計單位相關人員對詢問的答復或可能成為審計機構獲取審計材料的佐證。因此，這壹審計方法在會計報表審計過程中也較為常用。不過，受限於被詢問人員是否積極配合等多方面因素影響，詢問這壹環節往往較難把控。
四、函證。函證指審計人員直接從第三方獲取書面答復以作為審計證據的過程。通常，在開展企業會計報表審計期間，當針對的是與特定賬戶余額及項目相關的認定時，函證往往是必要的程序。此外，函證程序還可用於獲取不存在某些情況的審計證據。
五、重新計算。對於會計報表審計過程中對數據存有疑問的事項，審計人員往往采用重新計算的方式進行再次求證，以保證相關數據的準確性以及審計結果的正確性。目前，重新計算可采取手工和電子兩種方式。
六、重新執行。重新執行是指審計人員以人工方式或使用計算機輔助技術，對於審計中存在問題的程序或環節，重新獨立執行被審計單位內部控制組成部分的程序或控制。壹般情況下，重新執行法只在控制測試運用。
七、分析程序。此種審計方法是指審計人員通過研究不同財務數據之間以及財務數據與非財務數據之間的內在聯系，對企業會計信息作出分析和評價。