1、辦公室 主要職責：協助局領導處理機關日常事務並做好各職能科室之間的工作協調。起草全局綜合性文件。對重大問題和有關政策進行調查研究。所有局裏的各種重要事物。
2、工務科 主要職責：按照黃、沁河規劃的統壹安排，研究制訂焦作市黃、沁河水利發展的中長期計劃。負責焦作市所有行政區域內黃、沁河河道、堤防、險工、涵閘、控導等防洪工程和設施的統壹管理和維護。配合水政科對河道內非防汛建設項目進行審批，負責有關技術審查工作。承辦局領導交辦的其他工作。
3、防汛辦公室 主要職責：負責焦作市黃、沁河防汛的管理，指導、協調、督查焦作市黃、沁河工作，承辦防汛日常工作，掌握防汛動態，對防汛中出現的問題提出處理意見。督促檢查行洪障礙的清除。協助財務科編制年度防汛經費預算，提出防汛經費的使用意見。承辦局領導交辦的其他工作。
4、水政與水資源管理科（水政監察支隊）主要職責：負責《水法》、《防洪法》、《河道管理條例》等法律、法規的宣傳、貫徹、實施和檢查。負責管理範圍內的水行政執法、監察和復議工作，查處水事違法行為。負責《黃河下遊水量調度工作責任制》的貫徹落實。組織或指導涉及黃、沁河河道管理範圍內建設項目的水資源論證工作。在授權範圍內組織實施取水許可制度、水資源費征收制度，保護和利用黃、沁河水資源，承辦局領導交辦的其他工作。
5、科技與信息管理科 主要職責：制定治黃科技發展規劃、年度計劃、負責“數字黃河”工程的規劃及建設管理工作，負責全局辦公自動化系統的規劃、建設與管理。組織收集整理科技情報、資料，交流科技論文。承辦局領導交辦的其他工作。
6、財務科 主要職責：負責編制和下達部門預算及財務收支計劃。對各項資金使用及管理工作進行檢查、監督，指導局屬單位管好用好各項資金。負責全局事業、企業、基建會計核算工作，編制各類會計報表。負責防汛物資設備的管理。承辦領導交辦的其他工作。
7、審計科 主要職責：按照法律、法規和有關規定對各種投資計劃、經費預算執行、國有資產的管理及營運效率、成本及利潤核算、債權與債務的清理、專項資金的提取和使用情況等進行審計監督。建立和完善各項內審規章制度，對局屬各單位內部審計工作進行指導並進行監督檢查。承辦局領導交辦的其他工作。
8、勞動人事科 主要職責：負責局機關和局屬單位的職能配置、機構編制、領導職數和人員編制的管理工作。負責局中心組的學習。負責局管各級領導班子建設，局管幹部的考核、任免、獎懲、交流和後備幹部培養、考核、選拔、推薦等工作。編制全局職工教育發展規劃、計劃、制定職工教育管理規定，組織職工學歷教育、崗位技術培訓和在職職工繼續教育等工作。承辦局領導交辦的其他工作。
9、離退休職工管理科 主要職責：貫徹執行國家有關的政策規定，對全局離退休職工工作進行管理。具體負責局機關離退休職工管理與服務。督促、落實離退休職工的政治、生活待遇，組織離退休職工繼續發揮作用。協同有關部門做好離退休職工的遺囑工作。負責離退休職工的信訪、接待、年報統計以及老年公***設施的管理工作。
10、監察科 主要職責：負責全局紀檢、監察工作的宏觀管理和業務指導。對貫徹執行黨的路線、方針、政策和決議以及國家法律法規、政策、決議和命令的情況監督檢查。履行教育、保護、監督和懲處職能。受理對違反黨紀、政紀行為的檢舉、控告。對違法違紀行為進行調查、處理。受理監督對象對所受處理不服的申訴。協助局黨組搞好全局的黨風廉政建設。負責局紀檢組的日常工作。承辦局領導交辦的其他工作。
11、直屬機關黨委（精神文明建設指導委員會辦公室）主要職責：負責宣傳貫徹黨的路線、方針、政策和上級黨組織的決議、指示。
12、焦作黃河公會 主要職責：貫徹落實《工會法》，對系統內工會工作進行指導，發揮橋梁紐帶作用。