企業對民間非營利組織出資行為的會計處理，根據不同情況有三種會計處理方法。
壹、出資100萬後又收回投資的，也就是並沒有真實投資，只是為了達有關部門對開辦資金的要求。
根據實質重於形式原則，企業會計處理：
借：其他應收款
貸：銀行存款
非營利組織不做任何會計處理。
二、企業是真實出資，做的是純公益事業，符合《民間非營利組織會計制度》第壹章第二節規定，執行該制度的機構組織為：“在中華人民***和國境內依法設立的符合本制度規定特征的民間非營利組織，包括依照國家法律、行政法規登記的社會團體、基金會、民辦非企業單位和寺院、宮觀、清真寺、教堂等。適用本制度的民間非營利組織應當同時具備以下特征：
（1）該組織不以營利為宗旨和目的；
（2）資源提供者向該組織投入資源不得取得經濟回報；
（3）資源提供者不享有該組織的所有權。
該類執行《民間非營利組織會計制度》的機構組織，壹般在其制定的章程中均明確了上述3條特征，並且在章程中的清算章節中多表述為以下情形：“清算結束時的剩余財產，應當在業務主管單位和登記管理監管的監督下捐贈與本組織性質、宗旨相同的社會公益組織或上繳政府相關部門”或“清算後的剩余財產，按照有關法律、行政法規的規定處理”等。
這種情況下企業會計處理：
借：營業外支出-捐贈支出
貸：銀行存款
非營利組織的會計處理：
借：銀行存款
貸：捐贈收入
二、企業是真實出資，企業享有非營利組織的所有權，出資人在發展公***事業的同時更想獲得經濟上的回報。
這種情況下企業會計處理：
借：長期投資-長期股權投資
貸：銀行存款
非營利組織的會計處理：
借：銀行存款
貸：實收資本