年報審計可分為簽約、實施審計和出示審計報告三個階段。
企業應及時與會計師事務所就年報審計進行協商,達成壹致意見,由雙方法定代表人或授權代表簽訂審計業務約定書並加蓋單位公章。
企業會計人員應事先做好準備,審計開始,能及時提供審計所需的全部資料,如企業的會計管理制度,會計賬冊、憑證、報表,營業執照，有關批文,合營協議、企業章程,產權證明,納稅鑒定書等。
企業應為年報審計提供必要的合作,如審計場所,計算工具,具體情況介紹,協助謄抄、計算、復印等。
審計完畢,企業應認真聽取註冊會計師對年度財務會計報告的審計意見,以及對企業財務會計工作的意見與建議。
註冊會計師對審計資料進行整理、復核,出具審計報告。
企業收到審計報告後,若需要調整賬戶、調整報表數據的,應及時調整,調整後將財務會計報告及時報送有關各方。
年報審計資料應作為會計檔案妥善保管。