在會計憑證的檢查中，原始憑證是檢查的重點，而發票是原始憑證最重要的形式。
壹、發票檢查
發票是指在購銷商品、提供或者接受服務等經營活動中開具和收取的收付憑證。發票檢查主要包括以下幾個方面:
(壹)核對發票的基本內容
(2)發票管理的檢查
二、其他會計憑證的檢查
(壹)檢查自制原始憑證
(2)檢查會計憑證
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賬簿檢查
壹.總分類賬的檢查
(壹)運用余額核對法核對總賬
1.將總分類賬中所有賬戶的期末借方余額與貸方余額核對，看它們是否壹致。
2.在將總分類賬與其明細賬核對時，將總分類賬的余額與其所控制的二級賬戶或明細賬戶的同期余額之和進行核對，看是否壹致。
3.總賬賬戶中庫存現金和銀行存款的期末余額，應當與庫存現金和存款日記賬的期末余額核對，是否壹致。
(二)總賬檢查應註意的問題
1.檢查總賬是否根據賬戶匯總表或會計憑證匯總表登記，根據需要與賬戶匯總表或以其為基礎的會計憑證匯總表核對總賬，看總賬記錄是否真實正確。
2.檢查總賬記錄的經濟業務是否符合稅收法規和財務會計制度的規定，查看總賬匯總欄所描述的經濟業務是否與賬戶核算內容壹致。
3.檢查總賬時，要註意本期各項經濟業務的金額增減情況，並與上期進行比較，觀察有無異常現象。特別是涉稅經濟業務，要根據總賬記錄的內容，進壹步核對明細賬和會計憑證，以便發現問題。
4.根據復式記賬原理，按會計科目設置的各種賬戶之間有壹定的對應關系。如“庫存商品”科目的貸方對應“主營業務成本”和“分期發出商品”的借方。“制造費用”科目的貸方對應“生產成本——基本生產成本和輔助生產成本”科目的借方。檢查時，必須以相關的方式進行。如果對應關系是錯誤的，或者有不應該出現的紅字，要進壹步核實落實。
二、明細賬的檢查
明細分類賬賬戶是對總分類賬賬戶的進壹步分類。它是根據實際需要設置的，詳細記錄和反映經濟業務，是總帳科目的具體化。在核對明細賬時，壹定要註意它與明細賬的關系。
(壹)明細賬的檢查內容
明細賬記錄的經濟業務是否真實，單價、數量、金額的計算和填列是否正確，方向是否壹致。必要時，應與相關原始憑證或原始憑證匯總表進行核對。
明細賬和總賬的記賬方向是否壹致，記賬金額是否壹致，本期發生額與期末余額是否壹致。
在核對實物明細賬(如材料、庫存商品等賬戶)時，要註意各實物明細賬的金額之和是否等於總賬的余額。如果不是，可能有問題，必須深入檢查。
(2)重點檢查的賬目。
因為企業的賬簿壹般是按照五個會計要素——資產、負債、所有者權益、成本和損益來設置的，各種賬戶很多，每個賬戶都記錄了大量的經濟業務和增減數字，所以在進行稅務檢查時，要重點檢查賬簿和相關賬戶。重點檢查與稅務有關的賬目。壹般來說，要重點檢查成本賬戶、損益賬戶和其他與之相關的賬戶。對於被檢查的賬戶，應根據其屬性和對稅收收入的影響程度以及賬戶的會計結構，同等重視“借方”金額、“貸方”金額、“余額”或“借方、貸方和盈余”。這裏以工商企業為例，對壹些涉稅賬戶描述如下:
1，重點核對有借方金額的賬戶。
“生產成本”賬戶。要註意是否有違反成本支出範圍的支出。比如，固定資產、無形資產和其他資產的購建等資本性支出被擠入生產成本；對外投資的成本列為生產成本；將支付的滯納金、罰款、違約金，以及企業贊助、不符合規定的捐贈支出納入成本。
“材料采購”、“制造費用”等科目。這兩個賬戶屬於“集體調撥”性質，對成本影響很大，容易出問題。檢查時要註意借方金額所記載的內容是否符合成本支出的範圍，計算標準是否準確，本期不應負擔的生產性支出和資本性支出是否通過這兩個賬戶轉入生產成本。
“營業費用”、“管理費用”和“財務費用”科目核算。檢查時要註意借方金額記錄的內容是否符合支出的範圍和標準，不屬於期間費用的支出是否通過這三個科目轉入“本年利潤”科目，人為調整利潤達到調整應納稅所得額的問題。
“待處理財產的損失和溢余”、“營業外支出”等科目。檢查中要註意是否存在未按制度規定審批處理財產損失的情況。財產物資因保管不善發生毀損、短少、私占或借用等情況，未經認真調查，記入“待處理財產損失溢余”科目，再轉入“營業外支出”科目，壹方面減少企業所得稅應納稅所得額；另壹方面，增值稅少等。
2.重點用貸方金額核對賬目。
“主營業務收入”明細科目。此類賬戶的貸方總額應與企業申報的稅目銷售稅額進行核對，看數字是否壹致，是否存在少報或隱瞞收入偷稅漏稅的現象。
“商品購銷差價”明細科目。核對時要註意是否存在抵銷已實現差價的情況，差價計算是否正確，計算是否有錯誤。
“待攤費用”、“壞賬準備”等科目。待攤費用的出借人將應由當期承擔的費用攤入當期損益。所以攤銷額準確與否直接影響當期利潤。檢查時要註意有無按規定期限過度攤銷和攤銷不足的現象。
3.重點檢查賬戶余額。
“預提費用”明細賬戶。檢查時應逐壹檢查預提費用的金額，預提的依據和理由是否充分，提取的金額是否合理合法。是否存在不提，或隨意多提或少提，人為調整應納稅所得額等現象。
“原材料”、“庫存商品”等明細科目。在核對時，要註意賬面余額是否與盤點表和倉庫存貨臺帳中的數字壹致。單價是否按照規定的方法(如先進先出法、後進先出法、加權平均法、個別計價法)計算，總和是否正確，如果賬面余額出現紅字，要進壹步調查是否屬於盈余或多轉成本。
“應付賬款”、“其他應付款”等明細科目。這種賬很容易掩蓋壹些長期存在的賬，如應轉賬而未轉賬的“主營業務收入”或“其他業務收入”的支付收入、加工勞務收入等。在核對這些賬目時，必須根據其余額的大小和時間，以及其內容的匯總，逐壹核對。
4.需要檢查借方和貸方金額和余額的賬戶。
查看“應交稅金——應交增值稅”明細科目，本科目借方發生額反映購進貨物或接受應稅勞務支付的進項稅額和實際支付的增值稅；貸方發生額反映銷售貨物或提供應稅勞務應繳納的銷項稅額、出口貨物退稅、已繳納或分攤的增值稅；期末借方余額反映納稅人多繳或未抵扣的增值稅；期末貸方余額反映納稅人未繳納的增值稅。“應交稅金-應交增值稅”科目是明細科目核算的重點內容。
查“生產成本”明細賬。本科目借方發生額為企業發生的直接生產費用，貸方發生額為企業已經生產並驗收入庫的庫存商品和自制半成品；期末應關註借方發生額是否符合本期應負擔的成本費用、生產性費用和資本性支出等的範圍。，計入產品的生產成本；制造費用、輔助生產費用等間接費用的分攤方法是否堅持會計壹致性原則，計算是否準確；貸款人發生的款項是否為未繳納增值稅和消費稅的加工品的到期款項；余額是否與實際庫存相符，是否存在多轉移或少轉移產品生產成本的情況。
以上查賬的重點是從稅務檢查的角度提煉出來的。在實際工作中，根據會計處理和檢查的實踐，既要重點關註，又要避免壹概而論，具體問題具體分析。此外，還應註意帳與帳、帳與憑證的有機聯系，以檢查和確定計稅依據的計算是否正確。