寧夏地方稅務局設11個內設機構：分別為辦公室、人事與老幹部處、政策法規處（行政審批辦公室）、計劃財務處（會計統計處）、稅政管理壹處、稅政管理二處、稅政管理三處、納稅服務處、征管與科技發展處、社保費征收管理處、監督內審處；3個黨群組織：機關黨委、系統工會、系統團委；壹個派駐機構：紀檢組監察室；2個事業單位：機關服務中心、信息中心； 4個直屬單位：稽查局、直屬征收管理局、寧東能源化工基地地方稅務局、銀川經濟技術開發區地方稅務局。現下轄4個市級局，分別為銀川市地方稅務局、石嘴山市地方稅務局、吳忠市地方稅務局、中衛市地方稅務局。