企業重組，是指企業在日常經營活動之外，引起企業法律或經濟結構改變的交易，包括企業法律形式改變、資本結構調整、股權收購、資產收購、合並、分立等。企業重組與企業普通資產交易的區別在於：普通資產交易限於企業壹部分資產或商品的轉讓、處置，不涉及股東層次的股權交易，而企業重組是針對股權交易或者由於整體資產、負債的交易，進而引起企業資本經濟結構或法律形式的變更。
為避免所得稅對企業重組的負面影響，保證稅收的中立性，有關企業重組的所得稅政策區分了普通重組與特殊重組。同時符合下列條件的企業重組，認定為特殊重組：
1.具有合理商業目的，不以減少、免除或者推遲繳納稅款為主要目標；
2.被收購、合並或分立部分資產或股權符合規定比例，企業法律或經濟結構發生實質性或重大改變；
3.法律形式被改變、資本結構被調整、被收購、被合並或分立企業在重組後連續12個月內，不改變原實質經營活動；
4.重組交易對價中涉及的主要是股權支付額，非股權支付額不超過規定比例，同時取得股權的當事方不得在隨後的12個月內轉讓該股權；
5.重組交易當事方涉及境外（包括港澳臺地區）納稅人的，除符合前述條件外，還應該確保被重組企業資產及企業股權所隱含增值稅收管轄權仍保留在中國境內，並適用不低於重組前稅率。
符合上述條件的特殊重組，當事各方應按以下特殊的稅收規定進行所得稅處理：
1.除與重組交易的非股權補價或貨幣性補價相對應的資產轉讓所得或損失應在交易當期確認外，交易各方可暫不確認有關資產的轉讓所得或損失。
2.非股權補價或貨幣性補價對應的資產轉讓所得或損失=（被轉讓資產的公允價值－被轉讓資產的計稅基礎）×（非股權補價或貨幣性補價÷被轉讓資產的公允價值）。
例：以整體資產轉讓為例，A企業將全部資產轉讓給B公司，B公司向A企業支付B企業股權，以及非股權支付額，完成A企業整體資產轉讓。A全部資產賬面價值8000萬元，A公允價值15000萬元，B向A支付6250萬股本企業股票（面值1元），賬面價值6250萬元，公允價值14000萬元。另外支付非股權支付額1000萬元（銀行存款200萬元，C債券400萬元，公允價值800萬元）。A將本企業全部資產轉讓給B。
本例中，非股權支付額1000÷股權票面價值6250＝16%，符合免稅改組條件。
A企業轉讓整體資產所得＝15000－8000＝7000（萬元）。由於雙方屬於免稅改組，同時，A企業取得了非股權支付額，應按非股權支付額占改組交易額的比例，確認當期應納稅所得額。
A企業當期應納稅所得＝7000×（1000÷15000）＝466.67（萬元）。
A企業換出整體資產和負債後，取得B企業的股權和部分非股權支付額。由於A企業采取免稅改組，需將所持有B企業股權及部分非股權支付額進行成本替換（剔除現金對價200萬元）。
A賬面價值＝8000+466.67＝8466.67（萬元）。
A企業換出整體資產和負債後，取得B企業的股權和部分非股權支付額。由於A企業采取免稅改組，需將所持有B企業股權及部分非股權支付額按公允價值計算（剔除已是公允價值現金200萬元）。
A賬面價值＝8000+466.67＝8466.67（萬元）；換入B企業股權成本＝8466.67×（14000÷14800）＝8009.01（萬元）；換入B企業所持C債券成本＝8466.67×（800÷14800）＝457.65（萬元）。
如果A企業完全按案例計算的數據確認應稅所得以及換入資產的賬面價值，則會計與稅法不存在差異。很多企業重組往往按評估價值入賬，熱衷於確認重組利潤，做大資產總額，但不願繳納所得稅，因此出現會計與稅法差異，壹方面對當期利潤有影響，需要納稅調整；另壹方面資產賬面價值與計稅成本發生差異，需要在資產存續期內逐年調整允許稅前扣除的折舊、攤銷額。
第1列“賬載金額”填報會計核算的賬面金額；第2列“稅收金額”填報稅收規定的收入金額；第3列“調增金額”填報按照稅收規定應納稅調整增加的金額；第4列“調減金額”填報按照稅收規定應納稅調整減少的金額。