預算會計適用於各級政府財政部門、各級行政單位和各類事業單位，適用對象具有明顯的非營利性，所以又稱為非營利組織會計。而企業會計適用於以營利為目的的從事生產經營活動的各類企業。
2.會計核算的基礎不同
預算會計中，財政總預算會計和行政單位會計以收付實現制為會計核算基礎；事業單位會計根據單位實際情況，分別采用收付實現制和權責發生制。企業會計均以權責發生制為會計核算基礎。
3.會計要素構成不同
預算會計要素分為五大類：即資產、負債、凈資產、收入和支出。企業會計要素分為六大類：即資產、負債、所有者權益、收入、費用和利潤。即使相同名稱的會計要素，其內容在預算會計與企業會計上也存在較大差異。
4.會計等式不同
預算會計的恒等式為：資產十支出=負債+凈資產十收入。企業會計的恒等式為：資產=負債十所有者權益。
5.預算會計的核算內容及方法具有特殊性
在預算會計中，固定資產壹般應與固定基金相對應，固定資產不計提折舊；對外投資壹般與投資基金相對應；對專用基金實行專款專用方法；壹般不實行成本核算，即使有成本核算，也是內部成本核算；壹般沒有損益的核算。