1、培養目標不同：會計專碩側重會計理論研究和實踐應用，主要培養創業型、職業化素質人才；會計學碩主要培養科研人才。
2、培養方式不同：會計專碩主要註重培養創業型、職業化素質，學制壹般為兩年；會計學碩主要以理論教學為主，更多偏重於基礎教育、素質教育和專業教育，學制壹般為三年。
3、考試科目不同：會計專碩參加全國統考，初試只考英語和管理類聯考兩門，滿分300分；會計學碩初試考兩門公***課和兩門專業課，滿分500分。