作為壹項制度，會計集中核算還不完善，還存在壹些問題，但關鍵是要結合形勢和任務的發展，從實際出發，不斷加強會計集中核算制度的科學化、制度化和規範化建設。
1，改變會計職能，從會計轉向管理。會計核算中心的主要工作是資金的支付和核算。將核算中心作為記賬機構是遠遠不夠的，更應該重視預算執行信息的反饋和控制。要加強預算資金支付的預控，在決定資金支付前確定是否支付和如何支付，而不是在支付完成後才明確。會計核算中心工作人員收到預算單位的支付申請後，應確定是否支付和如何支付，然後通知銀行支付。會計中心的發展必須從核算型向管理型轉變，會計中心作為純會計機構的觀念要盡快扭轉。
2.正確處理現行支出標準與實際支出的關系。在會計集中核算實踐中，行政事業單位現行支出標準與具體復雜的實際支出存在壹定差距。如何在堅持規章制度、提高資金使用效率的同時，把握好實際費用的報銷問題，以保證單位正常的業務活動，是對會計核算中心工作人員專業素質和專業判斷能力的嚴峻考驗。壹方面，如果所有超標費用都不報銷，可能會影響行政任務的完成和各部門、各單位各項事業的發展；另壹方面，統壹財務制度的支出標準，是正確處理行政財務工作中物、人、財、物關系的主要依據和標準。如果所有超出規定限額的費用都要經過單位領導批準後才能報銷，這不僅違反了財務制度，放棄了會計監督，還可能助長不正之風和腐敗，最終不利於行政任務的完成和各部門、各單位各項事業的發展。因此，處理好支出標準與實際支出的關系就顯得尤為重要。
3.完善內外監控體系，確保財政資金、財產和物資的安全。由於財政資金的集中管理，財政資金管理的風險也大大集中，必須加強內部控制，建立內控機制，防範風險。每壹筆支出都要事先審核，金額要核對。只有保證憑證真實、準確、合理、合法後，才能通知銀行付款。要建立健全大額支出審批制度、超指標審批制度、超計劃使用資金審批制度、大額貸款審批制度、預算單位財產物資管理制度等內控制度，明確責任。同時，核算中心要主動接受外部監督，向預算單位反饋資金支付信息，與單位形成相互制約的機制，接受財政內部監督部門、審計等職能部門的監督，確保財政資金和單位財產物資的安全。
集中會計
4.加強審計，規範行為，明確責任，防範風險。集中核算的主體是政府，其職能是政府的社會經濟管理權和國有資產所有權。實行會計集中核算，必須強化會計人員的服務意識，加強審計對會計的再監督，在更高層次上規範會計人員的行為，防止他們濫用政府權力，形成新的官僚作風。會計人員離不開錢打交道，執法風險高。只有強化風險意識，進壹步明確責任，加強對會計人員的崗前、任期和離任的定期和不定期審計，才能保證會計信息的質量，提高會計信息的真實性，保證會計人員的誠信和健康成長。
5.建立遠程會計系統和遠程審計系統。建立遠程會計報告系統和遠程審計系統是會計中心電算化和網絡化發展的必然選擇。利用現代信息技術處理日常工作，建立遠程報銷系統，可以從根本上解決核算中心工作人員超負荷的工作量。實際上，會計的大量工作側重於憑證的整理和摘要的輸入，實現遠程報銷後只需要審核修改即可。工作效率提高後，會計人員可以有更多的精力從事單位的財務和預算管理。對於公司來說，報銷和憑證錄入的工作可以分散在幾天內完成，到了會計站可以減少等待報銷的時間。整個管理過程完全自動化，單位、前臺、後臺之間的數據資源完全共享，避免重復工作，實現系統優化。建立遠程審計系統還可以根據自身工作的特點和需要設置壹些明細科目，有利於業務單位及時了解預算執行情況和財務收支情況，增強會計核算中心與單位之間的會計信息交流，對財政部門實施遠程預算監控、資金消耗計劃管理、授權支付額度下達和財務收支核算監督檢查具有重要的現實意義。
實踐證明，雖然實行會計集中核算還存在壹些問題，但已經顯示出會計集中核算制度在加強財政資金收支管理、改變核算方式、控制預算執行等方面的優勢。總的來說，利大於弊，是壹個成功的會計管理系統。當前的主要任務是明確會計核算中心作為預算執行機構的地位，以預算執行為主要任務，轉變工作職能，不斷推進會計集中核算制度的改革和完善。