1.賣方丟失增值稅專用發票:
(1)空白未開封的增值稅專用發票如有遺失，先按規定程序向銷售方當地主管稅務機關和公安機關掛失，接受稅務機關的處罰；其次，由主管稅務機關代為收取“掛失費”，統壹發(送)納稅人姓名、發票號、字軌號、蓋章與否等。對專用發票要在《中國稅務報》等稅務報刊上刊登“遺失聲明”。
(2)賣方遺失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯的，應當在申報納稅後向主管稅務機關申請開具遺失增值稅專用發票納稅申報證明，並將該證明和遺失發票記賬聯復印件交買方抵扣。
(3)如賣方遺失已開具專用發票的抵扣聯和發票聯中的壹份(兩份未全部遺失)，買方可使用未遺失的復印件到主管稅務機關進行認證和記賬，復印件可留存備查。
2.買方丟失增值稅專用發票:
(1)如證明丟失前壹致，買方可使用賣方提供的相應專用發票記賬聯復印件和賣方當地主管稅務機關出具的丟失增值稅專用發票納稅申報證明，經買方主管稅務機關審核後作為增值稅進項稅額抵扣憑證。
(2)丟失前未認證的，買方憑賣方提供的相應專用發票記賬聯復印件，以及賣方所在地主管稅務機關出具的專用發票記賬聯復印件和丟失的增值稅專用發票納稅申報證明進行認證，經買方主管稅務機關審核批準後作為增值稅進項稅額抵扣憑證。