由於稅收政策上對於股權激勵的處理規定壹直不明確，上市公司無法對於股權激勵無法按照《企業會計準則第18號—所得稅》規定的原則進行所得稅會計處理，從而導致披露的報表並不準確。
2012年5月23日，國家稅務總局發布了《國家稅務總局關於我國居民企業實行股權激勵計劃有關企業所得稅處理問題的公告》 國家稅務總局公告2012年第18號），明確了我國對於股權激勵企業所得稅的處理原則。該公告規定：上市公司依照《管理辦法》要求建立職工股權激勵計劃，並按我國企業會計準則的有關規定，在股權激勵計劃授予激勵對象時，按照該股票的公允價格及數量，計算確定作為上市公司相關年度的成本或費用，作為換取激勵對象提供服務的對價。
上述企業建立的職工股權激勵計劃，其企業所得稅的處理，按以下規定執行：
（壹）對股權激勵計劃實行後立即可以行權的，上市公司可以根據實際行權時該股票的公允價格與激勵對象實際行權支付價格的差額和數量，計算確定作為當年上市公司工資薪金支出，依照稅法規定進行稅前扣除。
（二）對股權激勵計劃實行後，需待壹定服務年限或者達到規定業績條件（以下簡稱等待期）方可行權的。上市公司等待期內會計上計算確認的相關成本費用，不得在對應年度計算繳納企業所得稅時扣除。在股權激勵計劃可行權後，上市公司方可根據該股票實際行權時的公允價格與當年激勵對象實際行權支付價格的差額及數量，計算確定作為當年上市公司工資薪金支出，依照稅法規定進行稅前扣除。
（三）本條所指股票實際行權時的公允價格，以實際行權日該股票的收盤價格確定。
對照國家稅務總局18號公告和《企業會計準則第11號—股份支付》，我們可以看出，稅法和會計對於股權激勵的處理存在著明顯的差異：
根據《企業會計準則第11號—股份支付》的規定：除了立即可行權的股份支付外，無論權益結算的股份支付還是現金結算的股份支付，企業在授予日均不做會計處理。企業應當在等待期內的每個資產負債表日，將取得職工或其他方提供的服務計入成本費用，同時確認所有者權益或負債。對於附有市場條件的股份支付，只要職工滿足了其他所有非市場條件，企業就應當確認已經取得的服務。
根據國家稅務總局18號公告的規定，對於股權激勵，在稅收處理上，上市公司等待期內會計上計算確認的相關成本費用，在當期不能在計算企業所得稅應納稅所得額是進行扣除。實施股權激勵的企業，只有在股權激勵計劃可行權後，按照該股票實際行權時的公允價格（壹般是實際行權日該股票收盤價）與當年激勵對象實際行權支付價格的差額及數量，計算確定作為當年上市公司工資薪金支出，依照稅法規定進行稅前扣除。
無論是在股權激勵成本費用金額的確認上還是在扣除時點的確定上，會計和稅法都存在明顯的差異。由此，導致了企業需要根據《企業會計準則第18號—所得稅》規定的原則進行所得稅會計處理。
對於股權激勵的所得稅會計處理問題，財政部在《企業會計準則講解（2010）》中說的比較簡略。對於“與股份支付相關的當期及遞延所得稅”的問題，該書規定：“與股份支付相關的支出在按照會計準則規定確認為成本時，其相關的所得稅影響應區別於稅法的規定進行處理。
如果稅法規定與股份支付相關的支出不允許稅前扣除，則不形成暫時性差異；如果稅法規定與股份支付相關的支出允許稅前扣除，在按照會計準則規定確認成本費用的期間，企業應當根據會計期末取得的信息估計可稅前扣除的金額計算確定其計稅基礎及由此產生的暫時性差異，符合確認條件的情況下應當確認相關的遞延所得稅。其中預計未來期間可稅前扣除的金額超過按照會計準則規定確認的與股份支付相關的成本費用，超過部分的所得稅影響應直接計入所有者權益。“
《企業會計準則講解（2010）》在總局18號公告之前出版，當時對於股權激勵的企業所得稅處理還不明確。目前，根據總局18號公告的規定，稅法上允許額企業扣除與股份支付相關的成本費用。因此，在所得稅會計上，企業應按規定進行遞延所得稅的處理。但是，《企業會計準則講解（2010）》規定比較原則，其中企業如何根據會計期末取得的信息估計可稅前扣除的金額計算確定其計稅基礎及由此產生的暫時性差異是整個問題的核心。
期權的價值=時間價值（time value）+內在價值（intrinsic value）
企業根據《企業會計準則第11號—股份支付》規定，在等待期內每個資產負債表日確認為成本費用的金額是根據期權的價值來計算的（對於權益結算的股份支付，是根據授予日權益工具的公允價值計算，並不確認後續公允價值的變動。對於現金結算的股份支付，應當按照每個資產負債表日權益工具的公允價值計量），其中既包括時間價值也包括內在價值。
而根據總局18號公告的規定，最終企業可以在企業所得稅前扣除的費用只是該股票實際行權時的公允價格（壹般是實際行權日該股票收盤價）與當年激勵對象實際行權支付價格的差額，這部分差額實際上是期權的內在價值。因此，企業所得稅上只允許扣除期權的內在價值，不允許扣除期權的時間價值。因此，時間價值不形成暫時性差異，不需要進行所得稅會計處理。而內在價值的變動則形成暫時性差異，需要我們按照《企業會計準則第18號—所得稅》規定的原則進行所得稅會計處理。
下面，我們通過壹個具體的案例和大家說明股權激勵的會計和稅法處理的差異。
案例：中天公司為我國A股上市公司。該公司在兩個年度內分別給兩位公司高管實施了兩項股票期權激勵計劃，截止2X14/12/31，該公司股權激勵的具體內容如下：
中天公司的股票在2X13/12/31的價格為12.5元/股，在2X14/12/31的價格為12元/股。
中天公司2X13每股收益（EPS）年增長率為4.5%，2X14年為4.1%，2X15年為4.2%.
中天公司授予甲、乙個人的股票期權的行權條件如下：
A：如果公司的每股收益（EPS）年增長率不低於4%且甲個人仍在中天公司工作，該股票期權才可以行權。
B：只有當中天公司的股票價格超過13.5元/股且乙個人仍在中天公司工作，該股票期權才可以行權。
截止2X14/12/3，甲、乙個人都未離開中天公司。企業所得稅稅率為25%.分別討論2X13、2X14年度中天公司股權激勵的所得稅會計處理。
案例分析：
該案例的股票期權激勵是權益結算的股份支付。我們分別在2X13和2X14兩個年度分析該股權激勵的會計和稅務處理。
2X13年度：
根據《企業會計準則第11號—股份支付》的規定，對於企業應當在等待期內的每個資產負債表日，將取得職工或其他方提供的服務計入成本費用，同時確認所有者權益。授予甲個人的股票期權激勵計劃中，規定的行權條件為每股收益（EPS）年增長率不低於4%且甲個人仍在中天公司工作，該條件為非市場條件。通過案例提供的信息來看，中天公司2X13每股收益（EPS）年增長率為4.5%，該非市場條件得到滿足，應在會計上確認費用，並做如下會計處理：
借：管理費用 （20000×5×1/2） 50000
貸：資本公積-其他資本公積 50000
會計上根據股權授予日公允價值在當期確認為管理費用的金額既包括期權的時間價值也包括期權的內在價值。而稅收上，我們只允許扣除期權的內在價值。因此，在所得稅會計處理上，我們要確認2X13/12/31該期權的內在價值，並進行遞延所得稅處理。
遞延所得稅資產的確認：
股票的公允價值（20000×12.5×1/2） 125000
股票期權行權價格（20000×4.5×1/2） 45000
內在價值 80000
企業所得稅稅率 25%
遞延所得稅資產 20000
2X13年度，中天公司根據會計準則規定在當期確認的成本費用為50000，但預計未來期間可稅前扣除的金額為80000，超過了該公司當期確認的成本費用。根據《企業會計準則講解（2010）》的規定，超過部分的所得稅影響應直接計入所有者權益。因此，具體的所得稅會計處理如下：
借：遞延所得稅資產 20000
貸：資本公積-其他資本公積 （80000-50000） ×25% 7500
貸：所得稅費用 （20000-7500）12500
2X14年度：
對於乙個人而言，中天公司2X14授予其股票期權中規定的行權條件為股票價格要超過13.5元/股且乙個人仍在中天公司工作，其中股票價格超過13.5元/股為市場條件，繼續在該公司工作為非市場條件。雖然2X14/12/31的，中天公司價格為12元/股，市場條件不滿足。但是，根據《企業會計準則第11號—股份支付》規定，只要職工滿足了其他所有非市場條件，企業就應當確認已經取得的服務。
對於甲個人股票期權：20000×5-50000=50000
對於乙個人股票期權：50000×6×1/3=100000
借：管理費用 150000
貸：資本公積-其他資本公積 150000
對於遞延所得稅資產的處理方法，基本同上：
股票的公允價值：
甲個人部分 20000×12 240000
乙個人部分 50000×12×1/3 200000
合計 440000
股票期權的行權價格：
甲個人部分 20000×4.5 90000
乙個人部分 50000×6×1/3 1000000
合計 190000
內在價值 250000
企業所得稅稅率 25%
金額 62500
減去已經確認的遞延所得稅資產 （20000）
應確認的資產所得稅資產 42500
同樣，截止2X14年度，中天公司因股權激勵累計確認的成本費用為200000（50000+150000）。而截止2X14年度，中天公司預計未來期間可稅前扣除的金額為250000元，超過了該公司股權激勵累計確認的成本費用金額。超過的50000中，30000已在2X13年度乘以25%的稅率直接進入了所有者權益，剩余的20000部分應在2X14年度乘以25%的稅率直接進入所有者權益。具體的所得稅會計處理如下：
借：遞延所得稅資產 42500
貸：資本公積-其他資本公積 （20000×25%）5000
貸：所得稅費用 （42500-5000） 37500