根據上述職責，市房產管理局設6個內設機構。
（壹）辦公室
負責局機關的日常政務工作；負責局機關及直屬單位的綜合協調管理及黨群工作；負責會議組織、重要事項督辦、文秘、文件收發、機要、保密和檔案工作；負責處理綜合性來信來訪和對外聯絡接待工作；負責局機關經費支出和國有資產的日常管理工作；負責局機關及直屬單位的機構編制、人事、勞動工資工作；負責行政後勤管理工作；負責機關內部規章制度建設。
（二）政策法規科
負責起草房地產各類規範性文件，並組織論證、修改、上報；負責對重要政策、法規性課題進行研討並提出報告；歸口管理房地產行政執法、行政復議和訴訟工作；負責處理專業性來信來訪等信訪工作；負責行業的法制建設和宣傳教育工作。
（三）市場開發管理科
負責房地產市場管理。負責房地產中介機構的資質管理以及房地產從業人員、中介人員、經紀人等人員的資格審查和認證；負責房地產交易（轉讓、租賃、抵押、預售、產權產籍管理等）、拆遷、白蟻防治、房屋安全鑒定、價格評估等市場管理工作。
負責房地產開發企業的行業管理。負責全市房地產開發企業的資質管理和年審工作；指導房地產綜合開發和經營活動；組織房屋竣工驗收；負責編制住宅發展中、長期規劃和年度計劃；負責全市房地產市場統計、分析工作；組織推廣應用新技術、新工藝、新材料。
負責全市城中村改造管理工作。負責擬訂全市城中村改造規劃和年度計劃；負責城中村改造項目受理、審核、協調和督辦。
（四）物業管理科
負責物業管理企業的行業管理。組織指導全市物業管理工作，審批房地產物業管理資質和認證；監督物業管理維修基金的歸集、使用情況；指導直管公房的經營管理；參與物業竣工驗收工作；負責房屋維修、安全等管理工作。
（五）資金管理科
負責住房資金管理。負責局系統各單位資金的綜合協調、計劃管理工作；負責局機關經費和國有資產的財務管理工作；編制住房資金使用計劃；負責全市住房資金的結算、核算和管理工作。
（六）住房保障管理科
負責城鎮住房制度改革的指導和實施工作。負責住房分配貨幣化制度的推行和已售公房上市管理；負責房改有關檔案資料的整理和管理工作。
負責城鎮居民住房保障工作。負責擬訂全市住房保障規劃和年度計劃；負責廉租住房租賃補貼審批、發放工作；負責廉租住房、經濟適用住房的組織建設和協調、督辦工作；負責城市棚戶區和國有工礦區改造工作。
紀檢監察機構 按有關規定設置。