會計信息系統內部控制是指由於會計工作組織或業務實施而引起的會計信息失真、不合理、不合法等壹系列控制問題。各級管理部門為保護國家和企業的財產完整和安全，保證會計和其他數據的可靠性，保證國家和企業制定的各項政策的貫徹和執行，查錯防弊，加強管理提高經濟效益而采取的壹切制度、政策、措施和管理程序，都屬於會計內部控制的範圍。任何企業、事業單位或其他經濟組織，無論其規模大小和業務性質如何，無論其會計工作組織程序和信息處理方式如何，其會計業務處理系統在不同程度和不同方面總存在壹定的內部控制問題。企業會計信息系統的內部控制是整個企業管理系統不可分割的重要組成部分。
從傳統的手工會計到電算化會計系統，系統內部控制的基本要求和目標沒有改變，會計的復式記賬和借貸平衡的基本原則和方法沒有改變。但是，由於會計信息處理方式和方法的計算機自動化，會計業務處理程序和工作群體發生了質的變化，從而導致會計信息系統內部控制體系出現了壹些新的特點和變化。探索和研究這些特征的演變，有助於人們建立科學嚴密的電算化會計信息系統內部控制體系。
二、手工環境下會計系統內部控制的特點
任何壹種會計信息系統，其系統問題風險主要來源於會計業務的執行主體，因此系統內部控制措施的制定和實施也應圍繞這壹主體。在手工條件下，人是所有會計業務組織和實施的主要因素。因此，對實施主體進行人為控制，是分析和理解手工會計信息系統內部控制特征的關鍵。
1，從會計工作的組織機制來說。
手工條件下，會計工作的組織形式是根據經濟業務的性質劃分不同的會計職能組。建立內部控制的基本原則是權力和不相容職責的分離。在此原則基礎上，企業設立各種會計崗位和機構，制定各級財務制度和責任。不同人員被嚴格限定在其具體業務領域，各級主管根據制度實施嚴格監管。通過檢查記錄，我們可以追溯到任何壹個環節的問題。沒有授權，任何人都很難瀏覽所有的會計信息。從而形成手工條件下會計系統組織體系的內部牽制網絡。
2、從會計業務處理程序來看。
在手工業務處理系統中，賬戶、憑證和報表由不同的會計人員處理。為了正確處理每壹項會計業務，人們在手工業務處理程序的各個關鍵環節都設置了相應的審核制度和檢查制度，如賬目核對、會計憑證核對、賬表核對、賬實核對，以及各級主管人員的審核、簽字、蓋章等制度和措施。這些制度和措施的建立，在壹定程度上保證了會計信息的正確性和壹致性，也保證了各項經濟業務的合理性和合法性，體現了手工條件下業務處理程序內部控制的特點。從上面的分析可以看出，手工會計信息系統內部控制系統的主體都是圍繞人為因素的。
三、電算化條件下會計信息系統內部控制主要特征的演變
會計信息系統的計算機化，集中了手工條件下的大部分會計工作，如記賬、核算、過賬、對賬、產品成本計算、報表編制等。，在電子計算機上，由會計軟件完成。原來人工條件下的會計部門的工作基本上變成了只負責原始數據的收集、生成、審批、編碼和分析存儲。
從上圖可以看出，電算化條件下會計系統的內部控制問題具有以下特點:
1.會計業務執行主體的變化導致內部控制執行主體的變化。
在電算化條件下，雖然計算機不能代替所有手工條件下的全部會計工作，但關鍵的會計信息處理和業務核算工作已經被電算化會計軟件所代替。因此，會計工作的執行主體演變為兩個因素:人和計算機化軟件，而計算機化軟件是主要的執行因素。這種變化使得會計電算化系統內部控制的主體演變為人和軟件兩個因素，電算化軟件引起的系統問題風險將成為會計系統內部控制的主要風險。
2.數據輸入操作不當是電算化條件下會計業務處理程序中最關鍵的內控問題。
在計算機化的系統中，所有的數據都來自憑證庫，當憑證輸入後，系統會自動進行多項業務處理。壹旦輸入操作不當，就會導致日記賬、明細賬、總賬甚至會計報表出現壹系列錯誤。因此，數據輸入操作不當的問題控制將是整個會計電算化業務處理程序中最關鍵的控制環節。
3.電算化條件下數據和責任的高度集中衍生出壹系列重要的內部控制問題。
在手工條件下，會計的許多業務數據，如憑證、日記賬、明細賬和總賬等，都是由不同的負責人記錄和保管的。沒有授權，任何人都很難瀏覽所有的會計信息。在會計電算化系統中，所有的會計信息都集中在計算機中，壹套計算機化的軟件執行多個業務流程。在計算機網絡技術和數據庫技術高度享用計算機數據的條件下，如果沒有相應的內部控制措施，這種系統問題造成的可怕後果是不可想象的。
此外，與手工條件下多個業務崗位、多個負責人獨立操作形成的職責分工明確不同，在計算機化條件下，所有職責高度集中於同壹計算機系統(或網絡系統)，高度集中於同壹計算機化軟件系統。這壹特性使得系統數據和信息處理資料面臨著被非法瀏覽、修改、復制甚至不留痕跡地銷毀的巨大系統問題風險。因此，數據和責任高度集中的內部控制是電算化後會計系統面臨的壹系列重要的內部控制問題。
4.電算化後會計數據存儲介質的變化導致了會計數據管理中壹系列重要的內部控制問題。
會計信息處理的電算化引發了會計信息存儲介質的革命。人工條件下的原始紙質介質將被磁性存儲介質所取代。磁存儲介質的主要特點是讀取和分析直觀性差、數據篡改不留痕跡、不受潮、不磁化、不發熱、不彎曲等。這些特點和要求使得會計信息系統的數據保存面臨壹系列新的風險問題。此外，會計信息系統電算化還造成了系統問題的壹些其他控制點，如系統開發不當、計算機病毒入侵軟件系統、未經授權的軟件調用和修改、軟件系統實施引起的審計問題等。