行政級別:正處級內設機構。
主要職責:
負責海關區域內的報文和消息的處理；
負責綜合文字材料的撰寫；
牽頭組織開展政策理論研究和綜合調研；
負責海關行政會議的管理；
負責通關文件、印章和印刷用油的管理；
負責全面停工的保密和國家安全；
負責信訪職能管理；
牽頭開展關區目標管理，落實市目標辦的相關工作；
負責關區政務信息化建設和管理；
負責領導組織開展關務公開工作；
負責關區政務監管工作；
負責內部和外部的聯系和協調；
負責關區重大業務改革和綜合業務協調，組織關區業務形勢分析；
負責重要客人的接待安排；
負責海關口岸管理；
管理關區外事接待工作；
負責關區的值班安排和應急處理；
負責觀致的改版；
負責關區的新聞宣傳工作；
負責海關信息工作；
負責業務咨詢和投訴的協調；
協助海關研究所的日常工作。
承辦總署和海關領導交辦的其他工作。
內設部門:秘書科、信息宣傳科、政策研究室、政府信息管理科、歷史室。
地址:重慶市渝北區龍山壹路1號。主要職責:負責海關機構設置和人員編制管理；負責幹部的選拔和任用；負責人員招聘、考核、獎懲、交流、調整、辭職和解聘；負責關區退休人員的管理；負責關區工資福利管理；負責關區的教育和培訓工作；負責關銜管理；負責關區免費醫療的管理；負責關區幹部職工出國(境)管理工作；負責報關員資格證書發放前的相關工作；負責關區人事檔案的管理；負責關區計劃生育管理工作；負責關區合同工的職能管理。
內部部門:人事部門和教育部門。
地址:重慶市渝北區龍山壹路1號。主要職責:為關區重大行政事項決策提供政策和法律咨詢；負責海關規章制度的合法性審批；負責關區行政復議、訴訟、賠償和聽證；負責組織執法監督檢查，規範行政執法行為；協調處理行政執法爭議；參與重大案件的審理；負責案件的再審；負責關區內的法制宣傳和法律咨詢；負責關區法律工作的對外交流；負責關區知識產權海關保護工作；負責關區內的貿易管制；負責通關系統參數的維護；負責貨物進口證明書的管理。
內部組織:貿易管制科
地址:重慶市渝北區龍山壹路1號。主要職責:負責關區黨建工作；負責關區的思想政治工作；組織關區精神文明和風俗文化建設；負責關區基層建設；負責關區準軍事建設；負責海關工會的日常工作；指導* * *團委和窩窩團組織開展工作。
內部組織:政治工程科
地址:重慶市渝北區龍山壹路1號。主要職責:負責關區黨風廉政建設和反腐敗工作；受理海關工作人員的投訴和舉報，並組織調查處理；組織開展關區執法監管工作；組織關區內部審計工作；承辦監察總局、內審司、北京監察局交辦的相關工作。
內部機構:審計部
地址:重慶市渝北區龍山壹路1號。主要職責:負責海關監督管理通關職能；負責制定海關監管、通關程序、監管場所和設施；制定標準並監督現場人員的行為；負責在關區內設立的各類監管場所(不含特殊監管區域)的審批、驗收和登記；負責組織對海關監管和通關業務的監測、分析和評估；負責牽頭協調通關事宜；負責管理海關通道的決策職能；負責對暫扣印刷品、音像制品等進行審查的統壹管理。在本關區內辦理審批手續並報上級機關或有關部門；負責實施便利通關措施企業的審批管理，組織敏感物項出口管制快速調查監管和通關突發事件處置；負責關區非貿易貨物的職能管理。內部部門:監管通關部、保稅監管部。
地址:重慶市渝北區龍山壹路1號。主要職責:負責組織電子單證審核、專業化集中單證審核和報關單集中審核，以及對單證審核流程、報關數據和相關規章制度執行情況的監控分析；負責管理和指導關區各類業務的現場接單審核和稅收征管；負責海關通道管理的具體實施和日常維護，及時提出調整建議；負責單項審核、現場訂單審核、稅收征收過程中疑難問題的專業認定，以及職能部門監控聯系事項的集中提交、分發、反饋管理，並根據職能部門的專業認定進行處置；負責票據刪除、修改、欠費減免、非政策性退稅、納稅、擔保等專項事務的管理和咨詢；負責參與H2000文件審核操作系統的修改、測試和應急處理；負責本關區暫時進出境物品的審批管理；負責通關權限外減免稅項目的備案和審批手續；負責清關管轄範圍外加工貿易合同的預備案、中期核銷和後續核銷；負責加工貿易貨物國內納稅環節的歸類和價格審核；負責協調跨關區加工貿易監管，管理加工貿易合同備案材料遠程傳輸；負責海關通道決策參數的維護和控制，及時提出調整建議。
內部部門:加工貿易部、審單部。
地址:重慶市渝北區龍山壹路1號。主要職責:牽頭組織、協調和推進關區綜合治稅工作；負責編制和組織實施關區年度稅收計劃；負責商品歸類、價格評估、原產地認證、商品檢測等與稅收征管相關的職能管理；負責關區減免稅和加工貿易職能管理；配合相關部門做好稅務復議、後續管理和稅款入庫工作；負責關區內構成整車特征的進口汽車零部件的管理。
內部部門:海關部、減免稅部、汽車零部件進口管理部。
地址:重慶市渝北區龍山壹路1號。主要職責:負責制定關區統計工作的管理制度；負責報關數據管理；負責報關文件的管理；負責關區貿易統計管理工作；組織實施統計監督；負責關區的業務統計；負責海關統計的對外咨詢服務；組織海關區域的統計分析、預警和監測；率先在關區開展統計執法評估；負責編制海關統計數據；組織開展關區統計業務培訓；負責重慶統計學會海關統計分會的日常工作。
內部部門:綜合分析部、數據管理部。
地址:重慶市渝北區龍山壹路1號。主要職責:負責制定關區科技工作管理制度；承擔關區科技應用領導小組辦公室的日常工作；制定關區科技工作發展規劃和科技應用技術標準；組織實施關區科技應用項目和技術工程項目；負責關區信息系統的安全管理；負責關區科技設備的管理；負責關區科技應用項目的運行和管理；負責關區科技設備的運行和維護；組織和開展海關領域的技術培訓。
內部部門:計算機管理部和綜合技術部。
地址:重慶市渝北區龍山壹路1號。主要職責:負責編制和報送海關年度財務預算，並報告預算執行情況；負責海關稅費管理；負責海關區域內沒收物品的處理；負責關區內固定資產的管理；負責關區內海關設備的管理；監督、檢查和指導各經濟實體及其所屬單位的財務工作。
內部部門:稅費管理科、資金管理科、綜合管理科。
地址:重慶市渝北區龍山壹路1號。主要職責:協調海關總署職能部門，做好本局的辦公室、人事、政工、紀檢、監察、財務、技術等工作；負責重慶市打私辦的日常工作；組織分析、調查關區走私形勢，制定並組織實施關區反走私工作規劃和計劃；依法對關區內涉嫌走私案件和犯罪嫌疑人實施偵查、拘留、逮捕和預審；負責關區走私案件的刑事技術鑒定；依法辦理與案件偵查有關的復議、應訴、復查和刑事損害賠償；組織開展反走私情報工作；依法查處關區內的走私違法案件；負責關區走私違法案件的統計上報；負責分管本局的幹部管理工作；負責本局緝私警察的警務管理；負責後勤設備、科技設備等的管理。牽頭協調海關地區“掃黃打非”工作。
內部:辦公室、政治部、法務部、信息技術部、偵查部、刑事技術部、緝私部。
地址:重慶市渝北區龍山壹路1號。主要職責:負責組織本關區的例行檢查、專項檢查和射線檢查；負責關區內的貿易調查、市場調查和考察；負責報關單位和報關員的管理和培訓；組織實施規範企業進出口行為和評價企業信譽工作；負責關區企業分類管理委員會的日常工作。
內部部門:企業管理部、審計部、綜合部。
地址:重慶市渝北區龍山壹路1號。主要職責:牽頭制定關區風險管理制度；負責海關風險管理委員會的日常工作；組織開展關區風險分析和監測，承擔全面或專項風險分析和評估；負責制定關區業務風險評估和績效考核的標準和方法；組織開展關區風險分析、評估和評價；負責關區風險管理平臺的業務管理；負責通關系統的用戶授權管理。
內部部門:風險管理壹科和風險管理二科。
地址:重慶市渝北區龍山壹路1行政級別:處級派駐機構主要負責重慶機場進出口貨物的通關、接單、稅務、查驗、放行、清關、票據分揀、保證金擔保等工作。負責重慶機場進出境行李物品和運輸工具的實際監管和重慶機場海關監管倉庫的實際監管；負責全市機場、免稅店、航油保稅倉庫的實際監管；負責駐外使領館外交郵袋和公、私用品的審批手續；負責審批常駐機構和居民的公私物品出入境；負責簽發重慶機場進出口貨物的海關證明；負責收集、整理、上報我局風險信息，進行風險分析；負責重慶機場的海關統計。
內部部門:綜合業務部、旅檢部、貨運監管部。
地址:重慶市渝北區江北國際機場航站樓壹層。其主要職責是:負責所轄監管場所進出口貨物的現場通關，如轉關、接單、征稅、查驗、放行、通關、票據整理、統計、保證金擔保等；負責本辦公室所轄監管場所的實際監管工作；負責對進出監管場所的海關監管運輸工具的實際監管；負責簽發本部門進出口貨物的海關證明；負責重慶港集團公共保稅倉庫的海關監管；負責本部門的海關統計工作；負責收集、整理、上報我局風險信息，並進行風險分析。
內部部門:審核稅務部、檢驗放行部。
地址:重慶市九龍坡區楊家坪壇子口227號，副處級常駐機構主要職責是:負責進出口貨物的通關工作，如轉關、接單、稅務、驗放、清關、票據分揀、統計、保證金擔保等；負責本辦公室所轄監管場所的實際監管工作；負責對進出監管場所的海關監管運輸工具的實際監管；負責簽發本部門進出口貨物的海關證明；負責收集、整理、上報我局風險信息，並進行風險分析。
內部機構:監督科
地址:重慶市沙坪壩區張家灣火車東站聯檢大樓副處級常駐機構主要職責:負責關區內郵政進出境物品的實際監管；負責郵寄進出口貨物的清關、接單、征稅、檢驗、放行、清關、票據分揀、統計、保證金擔保；負責本地海關監管場所的實際監管工作；負責關區內通過郵政渠道進出境物品和貨物的海關統計；負責收集、整理、上報我局風險信息，並進行風險分析。
內部機構:快件監管科
地址:重慶市渝中區上清寺，隸屬於重慶海關郵政局，於2009年6月27日正式掛牌。涪陵辦事處管轄範圍:涪陵區及其周邊的南川、墊江、豐都、武隆、黔江、彭水、酉陽、秀山、石柱等區(縣)等。
負責監管進出轄區的海關監管運輸工具；簽發轄區內進出口貨物的海關證明；負責轄區內加工貿易合同的備案、審核、核銷、減免稅業務的審批及後續監管；負責轄區內的稽查工作和對報關企業、報關員的管理；負責協調業務統計；負責收集、整理和報告風險信息，並進行風險分析；負責轄區內固定資產的安全和管理；制定轄區隊伍管理、政務公開、紀檢監察等相關規章制度並組織實施；承辦海關總署交辦的相關工作。
地址:重慶市涪陵區長江段濱江路188號。正處級下屬機構主要職責:協調海關總署職能部門，做好辦公室、人事、政工、紀檢、監察、財務、技術等工作；負責巴南區、南岸區、經開區(出口加工區南區、北區除外)企業加工貿易合同的備案、中期管理和事後核銷程序；負責巴南區、南岸區、經濟開發區(加工區南北片區除外)企業進出口貨物減免稅審批及後續管理；負責對進出重慶出口加工區的企業、貨物和運輸工具的實際監管；負責留學回國人員購車憑證的審批；負責監督運輸工具的備案和審批。負責關區海關統計工作；負責收集、整理和上報本關區的風險信息，開展風險分析。負責海關安全、環境衛生和固定資產管理；負責基層建設、“三個文明”建設和準軍事化建設。
內部部門:辦公室、綜合業務部、出口加工區辦公室。
地址:重慶市北部新區經開園區金隅大道100號。主要職責:協調海關各職能部門，做好辦公室、人事、政工、紀檢、監察、財務、技術等工作；負責監管本關區進出口貨物的收、驗、稅、檢、放；負責本關區加工貿易合同的備案、審核和核銷；負責本海關減免稅業務的審批和後續監管；負責對報關企業和報關員的管理；負責本海關的稽查工作；負責本海關的海關統計工作；負責收集、整理和上報本海關的風險信息，開展風險分析；負責海關安全、環境衛生和固定資產管理；負責基層建設、“三個文明”建設和準軍事化建設。
內部部門:辦公室、綜合業務部、監察部。
地址:重慶市萬州區周家壩海關路225號，為處級下屬機構，業務管轄範圍涵蓋重慶保稅港區、渝中區、渝北區、江北區、重慶北碚區。主要職責:協調海關總署職能部門，做好辦公室、人事、政工、紀檢、監察、財務、技術等工作；負責監管本關區進出口貨物的收、驗、稅、檢、放；負責本關區加工貿易合同的備案、審核和核銷；負責本海關減免稅業務的審批和後續監管；負責對報關企業和報關員的管理；負責本海關的稽查工作；負責本海關的海關統計工作；負責收集、整理和上報本海關的風險信息，開展風險分析；負責海關安全、環境衛生和固定資產管理；負責基層建設、“三個文明”建設和準軍事化建設。
內部部門:辦公室、綜合業務部、監察部。
地址:重慶寸灘保稅港區主要職責:負責海關總署的物流服務；負責運營項目的創收工作；負責海關辦公室、宿舍、門面的修繕和管理；負責食堂、招待所、理發店、洗衣房的管理；負責海關總署外國接待人員的飲食、住宿、車輛和票務服務；負責水、電、氣、配電間的管理；負責綜合辦公區和宿舍區的綠化、環境衛生和安全；負責大宗辦公設備、材料和用品的集中采購；負責關區內車輛的使用和管理；負責中心工人的管理；負責海關總署授權的其他資產的經營管理。
地址:重慶市渝北區龍山壹路1號主要職責:負責重慶中國電子口岸政務卡、企業卡的錄入和制作；負責中國電子口岸應用項目在重慶的推廣和實施；負責重慶中國電子口岸應用項目的對外咨詢服務；負責本地用戶集中托管服務器的運行和管理；負責辦理中國電子口岸系統在重慶的服務業務；承擔重慶本地電子口岸建設的具體任務；承擔中國電子口岸數據中心交辦的其他工作。
地址:重慶市渝北區龍山壹路1號