金陵大學主體歷史沿革： 匯文書院（1888） 私立金陵大學（1910） 公立金陵大學（1951） 南京大學 基督書院（1891） 宏育書院（1906） 益智書院（1894）私立金陵女子大學
（1913） 私立金陵女子文理學院（1930） 中央大學 南京大學 金陵大學64年的歷史，大致可分為五個時期：（圖冊圖片資料來源 ） 金陵大學前身是1888年在南京成立的匯文書院（Nanking University 1888～1910），書院設博物館（文理科）、醫學館（醫科）和神道館（神學科）。1890年設成美館為中學部。匯文書院是金陵大學最早的源頭，由美國教會美以美會創辦，院址在南京幹河沿（今金陵中學校址）。它是南京地區最早建立的壹所新式學堂，辦學20余年，為金陵大學的成立奠定了基礎。匯文書院是南京地區之有新式學堂的嚆矢，也是國內早期創辦的高等學校之壹。（圖冊 ）
匯文書院穩步發展的時候，被傳教士視為重鎮的南京又增添了另外兩所教會書院：基督書院和益智書院。1907年，兩書院合並為宏育書院（Union Christian College），以基督書院為院址，由美在中任院長，文懷恩任副院長。
基督書院（Nanking Christian College）由美國教會基督會於1891年創辦。創辦人是美國基督會傳教士美葛斯（F.Rank E.Meigs）。他是美國紐約人，父母務農，篤信基督教。他受美國基督教國外傳教團的委派於1887年1月抵達南京，立誌以身許中國，故自號曰“在中”。起初美在中住宿在基督醫院醫士馬林家中。其時，雖然“南京皈依基督教者日眾”，但他認為“信仰雖新，智識依舊，深怕無智識之信仰，易生魔障，非灌輸智識，無以羽教旨”。於是他請求基督會捐款，在南京鼓樓西南建造基督書院。美在中被舉為院長。開辦時學生20人。數年後，達到200余人。
益智書院（The Presbyterian Academy）是美國教會長老會於1894年創辦的，院址在南京戶部街。創辦人是長老會傳教士賀子夏（美籍），後由文懷恩（J.E.Williams）繼任。文懷恩和美在中同時來華，曾壹起創辦基督書院。 1910年至1927年為金陵大學建立與發展時期。1910年，美國教會合並匯文書院、宏育書院成立金陵大學堂（1915年隨京師大學校改名為金陵大學校），美國人包文任校長，文懷恩任副校長，著名書法家、兩江師範學堂監督李瑞清題寫校名。 金陵大學始以匯文書院為校址，後遷入鼓樓西南坡的新校舍（今南京大學鼓樓校區校址北園）。在美國紐約州教育局立案，以美國大學教育制度為藍本，逐步發展成為壹所具有壹定規模的綜合性大學。 （圖冊圖片資料來源 ）
壹、三書院合並，金陵大學堂建立
20世紀初期，中國官辦大學日益發展，除京師大學堂外，各省也紛紛創辦大學堂。南京三江師範學堂就是在這時開辦的。中國新式大學堂的發展，刺激了教會學校，教會開始 “擔心政府在教育方面的競爭”，“除非集中力量，否則官辦學校就會超過他們。教會學校如果再不增加完備的實驗室和圖書館，不聘請更多更好的教師的話，那麽優秀學生將被政府學校吸引去”。於是許多著名傳教士竭力主張聯合書院，擴大規模，建成名符其實的大學，“以期成為國立大學的榜樣”。
在聯合的過程中，由於教會內部意見不壹，曾出現各種爭論，因此聯合大都幾經周折，但最後都獲得了成功。當時聯合建成的大學，除金陵大學而外，有北京匯文大學（燕京大學前身），上海聖約翰大學、滬江大學，杭州之江大學，山東基督教***和大學（齊魯大學前身），成都華西協合大學等。這些大學後來都發展成為著名教會大學。
金陵大學是匯文書院和其他兩個書院：基督書院和益智書院合並建立的。該三書院在南京城內鼎足而三。 三書院都是男生學校，辦學宗旨相同，辦法亦大同小異。
美在中首先倡議合並書院。他認為“孤往，則精力分散而收效淺；***作，則菁華聚而成功多。且祖國教會聚金委辦教育事業，當化畛域而屈群策，以最少經費謀最大功效，不然則獲罪於天矣！”1906年將益智書院之高年級並入基督書院。1907年，又有匯文書院與宏育書院合並之議，因匯文書院院長師圖爾持有異議未能成功。
匯文書院新任院長包文是壹位熱心教育事業的傳教士。他是美國伊利諾州之離盤塞人，畢業於美國訥克司大學文學系。於1897年（光緒二十三年）來華。他“勇於任事，尤具遠見卓識”。他以為，“中國之困亟矣，非以教育新民智不足以自振救，而教育之宗旨宜純正，規模宜遠大，組織設備宜健全完美，然後始可以言得人才為社會用，今南京壹隅設三校，其政不相謀，課程多重復，且為經費限，不得備其設施，勢必至於因循茍且，徒勞而無功，吾不知其有何益於中國，其亦大背吾人辦學之旨矣！”包文與美在中皆主張合並書院，建立完備大學。但合並辦法，“彼此初甚齟齬”。經過反復協商，始決以宏育並入匯文，定名為金陵大學堂(The University of Nanking)。推舉包文任學堂監督（校長），文懷恩副之，美在中任大學聖經部主任兼附中校長。大學部設於幹河沿匯文書院院址，附中設於宏育書院院址，小學設於益智書院院址。
二、金陵大學開辦概況
合並三書院建立金陵大學，旨在建成壹所完備高等學府。合並後，美以美會、基督會、北長老會在美國紐約聯合組成托事部。該部是學校最高權力機構，掌管大部份行政權力，學校的重要決定均需得到托事部的批準，包括校長、副校長的任命，學校經費的保管與監督。同時也承擔籌募經費的責任。托事部的首任會長是美國著名學者及宗教領袖史密爾博士。與此同時，在南京成立董事會（相當於托事部的駐寧辦事機構）。由大學校長、有關行政管理人員及聯合公會的代表組成。董事會的主要職責：監察審議學校所有進行事宜，包括任命大學行政管理人員，起草學校年度預算報托事部批準，任免中國教職員，批準學校開設的課程等等。起初，董事會所有董事（包括校長、副校長以及行政管理人員）都是外國人，並且都是基督徒。後修改董事會章程，增加了同學會（校友會）的代表，於是便有了中國董事。如任駐德公使的黃榮良、任綏遠省實業廳長的韓安、任國立東南大學教授的陶行知均以校友身份擔任金大董事會的董事。
金大的行政管理人員除校長、副校長外，還有司庫（會計）、校長秘書、房屋和場地總管、學監等，他們分別負責學校各方面的行政事務，學校的教學行政單位為科。金大初創時，僅設文科，數理化等科附設文科，均授文學士學位。包文兼任文科科長。
學校的經費，1910年經各聯合教會協議，由每個差會交付相當於4萬美元的土地、房屋、設備、現金，提供3名教師，每年出捐助費0.24萬美金。後來，在此基礎上有所增加，到1922年時，提供教師數增加為5名，年捐款數增加為0.4萬美金。
金陵大學在完成其行政管理組織以後，作為壹所完備大學，尚需得到政府認可。但當時教會學校在行政上與中國政府毫無關系。清政府壹向認為外國教會在中國設立的學校，是以外國人的資格和條約上的權利為依據而設立的，非國內教育事業，因此采取不幹預的態度，不考慮學校辦理立案之類的手續，當時也無立案的明文規定。這樣教會學校便不認為對中國負有什麽責任。因此，金陵大學成立後，立即向美國紐約州教育局申請立案。1911年4月，金陵大學便接到美國紐約州教育局局長和紐約大學校長簽署的特別許可證，正式同意金陵大學在美國紐約教育局立案，並承認金陵大學為壹完全大學，得以享受“泰西凡大學應享之權利”，金陵大學畢業生可同時接受紐約大學的學位文憑，並和美國康乃爾大學結為姊妹大學。自此，金陵大學的畢業文憑就改由紐約大學校董會簽發，然後轉致金陵大學堂監發畢業生。畢業生持此文憑便可不經考試直接升入國外有關大學研究院深造，並獲得學位。關於中國教會大學在美國立案，上海聖約翰大學校長蔔舫濟在1900年中華教育會第六屆會議上曾坦白地承認：“立案後的中國大學便變成為中國土地上的美國附屬學校。”這可以說是壹種特殊的治外治權原則的擴充。
與金陵大學同在美國紐約州立案的教會大學有：華西協合大學、華南女子大學以及在1913年成立的金陵女子大學等。
金陵大學初創，無論課堂宿舍、圖書設備以及師資力量均簡陋缺乏，不敷使用。而大學開辦後，學生人數歲有增加，校務呈蒸蒸日上之勢。因此，無論校舍之擴大，師資之補充，設備之改善均十分緊迫。包文校長制定了宏大的建校規劃。規劃的第壹步便是購置土地，重建校舍。雖然“經濟窘困，人為之憂”，可他毫不猶豫顧忌，胸有成竹。他派員攜其手訂之計劃，回美國赴托事部以募捐及增添教師為請。他與文懷恩副校長也多次親自回美籌劃經費，請求捐款。當時美國正處在第壹次世界大戰前夕的景氣時期，募捐比較容易，慷慨解囊之富商不少。歷數年之苦心經營，終於獲得巨額資金，使金大重建校舍的計劃得以實施。這是包、文兩校長為金大日後的發展所建立的首功。
1910年，金大在鼓樓之西南坡購得大片土地作為新校址，這地方名曰“西山”，隨即又從從美國請來測繪師和建築師規劃、設計校舍建築。全部工程由美國芝加哥壹家公司承包，建築材料除屋頂的琉璃瓦及基本土木外，也大都從國外進口。新校舍從1911年開始設計，1915年科學館落成，至1921年便全部竣工。校舍基地面積達2300余畝，地勢由北向南傾斜。建成的校舍，規模宏大，計有行政樓、科學館、醫科診室、禮堂、課堂宿舍等***有大樓11座。1924年得美國洛氏基金社中國醫學委員會與美國仕女的贊助，又建農林館壹座，名“裴以理樓”。這些樓房中西合璧，宏偉壯麗，與鼓樓平峙，為當時南京最高大的建築。
金陵大學自1916年起，便陸續遷入新校舍。幹河沿舊址改設附屬中學。1911年，金陵大學又以4萬美元購置了與金大校園相毗聯的舊宅壹座。該宅名陶園（或桃園），是清朝壹位俞姓貴族的住宅，三層樓房，屋宇精美，地址寬闊，風景優美，適合兒童課余遊息。同年秋，便將設在城南戶部街的小學移設於此。後來在三層樓下，“深鑿其底，建築底層”，建成地下室，作為學生的習藝場所。
學校初辦，教師數量少，且“其學術水平高下不齊，難以傳授高深學問”。包文向美托事部請求增聘教師。學校組織了聘任委員會，審查教師資格。於是，文理農醫等各方面專家學者來校者日眾，學校氣象逐漸更新。 （圖冊圖片來源：南京大學校史博物館 ） 1927年至1937年為金陵大學改革時期。在全國收回教育權運動的沖擊下，金陵大學率先改組，成立由中國人占多數的校董會，由中國人擔任校長，向政府辦理立案，校務及宗教方面也隨之進行重大改革，學校事業發展進入了全盛時期。
壹、非基督教運動和收回教育權運動
受“五四”運動的影響，從1922年到1926年，在中國爆發了壹場基督教運動及由此而引發的收回教育權運動，使在華基督教勢力受到嚴重挑戰，迫使教會學校在大發展以後進入了改革時期。
在這壹時期中，金大的基督徒膽顫心驚，祈禱會等宗教活動不得不偷偷在淩晨或黑夜進行，參加禮拜的人數也愈來愈少。1927年3月北伐軍攻占南京時，金大有五幢住宅被燒毀，文懷恩副校長在住宅遭劫時，被流彈打中殞命。西籍教職員倉惶逃離回國，學生也離校返家，學校停課。1927年4月14日金大理事會召開第23次會議，包文以“老病告退”，正式選舉過探先、陳裕光、劉國鈞、陳中凡、陳嶸、李德毅、李漢生等七位教授組成校務委員會，過探先為該委員會主席。負責管理金大。該委員會在時局變動時，在維持學校工作中發揮了不少作用。
二、改組與立案經過
1927年7月，國民政府正式宣告成立，收回教育權。1927年11月10日，金大理事會在上海開會，文理科科長陳裕光博士當選為金大校長。1928年3月，美國托事部打來賀電，表示認可。於是陳裕光就任金大第壹任中國校長。他也是國內任教會大學校長的第壹位中國人。
陳裕光上任後，十分註重中國教育主權，不僅在行政管體制上進行卓有成效的改革，而且在教學上推行“三壹制”，即教學、科研和推廣三合壹制度。
1934年，金大被美國紐約州立大學承認了與其他國際間之大學同等學術地位，並能頒發獲國際認可之學士和碩士學位。 1937年至1949年，因抗戰爆發，金陵大學舉校西遷，在四川成都華西壩艱苦辦學。12月，金陵大學南京校園被“南京安全區國際委員會”列為難民區收容所，湧進了大批的難民。1941年，汪偽國民政府在金陵大學原址興辦（汪偽）中央大學。1945年返寧，金陵大學駐寧人員接收汪偽中央大學。同年9月，學校在南京復課， 學校規模有所發展。復員後，學校基本上處於穩定階段。 （圖冊圖片來源：南京大學校史博物館 ）
與此同時，留守南京的副校長、歷史系教授貝德士等教職員與在寧的外籍教授、專家醫生、職員等組織了“南京國際安全區”，盡力收容、保護中國難民和放下武器的士兵。金陵大學校園當時成為南京市民避難所。現珍藏在美國耶魯神學院的“貝德士文獻”，就是真實記錄當年日軍罪行的原始檔案。當年德國西門子公司駐華總代表拉貝也以日記的形式記錄了侵華日軍的樁樁暴行。 （圖冊圖片來源：南京大學校史博物館 ） 1949年至1952年為金陵大學的轉折時期。新中國成立，金陵大學獲得新生。1951年9月，斷絕與美國教會的聯系後，李方訓任校長，私立金陵大學與私立金陵女子文理學院（原金陵女子大學）合並為公立金陵大學。 （圖冊圖片來源：南京大學校史博物館 ）
1952年，全國高等學校院系調整，金陵大學等西方教會大學撤銷建制，金陵大學文學院、理學院並入新南京大學（南京大學保留文、理學院，其余部分院系分出），成為南京大學的壹個組成部分。從此金陵大學校名取消，南京大學遷至金陵大學鼓樓校址（南京大學校長潘菽為了照顧新成立的南京工學院，將南大原有的四牌樓校區移交給南京工學院使用 ）。 根據《南京、金陵兩大學合並、調整工作進行辦法》，金陵大學和中央大學及其前身學校的歷史檔案明確劃歸（新）南京大學。
金陵大學教育系、農學院、農學院林學系、理學院電機系、化工系、水利系等系科分出，和南京大學等有關大學相關院系組建了南京師範學院（南京師範大學）、南京農學院（南京農業大學）、南京林學院（南京林業大學）、南京工學院（電機系在今東南大學，化工系在今南京工業大學）、華東水利學院（河海大學）等校。電影與廣播專修科遷至北京組建電影學校（今北京電影學院）。另有部分院系（經濟系，銀行系，管理系，文理科系）調至上海復旦大學等高校。
1952年院系調整金陵大學具體情況：
1、金陵大學文學院全部及理學院主體——並入南京大學
2、金陵大學教育系——並入南京師範學院（今南京師範大學）
3、金陵大學農學院主體——並入南京農學院（今南京農業大學）
4、金陵大學農學院林學系——並入南京林學院（今南京林業大學）
5、金陵大學理學院電機系——並入南京工學院（今東南大學）
6、金陵大學理學院化工系——先並入南京工學院化工系，後參與組建南京化工學院（今南京工業大學）
7、金陵大學附屬金陵中學——南京市第十中學——南京大學實驗中學（今金陵中學）
8、金陵大學附屬鼓樓醫院——南京市人民鼓樓醫院——南京市鼓樓醫院（1987年成為南京大學醫學院附屬醫院）
9、金陵大學電影與廣播專修科——北京電影學院