1、總公司在收取分公司利潤時，首先要確保分公司已依法交納所得稅；
2、所得稅後的凈利潤，需先用於彌補分公司以前年度的虧損；
3、虧損彌補完畢後，剩余的凈利潤可進行分配或者內部調配。
總公司財務管理：
1、總公司與分公司之間的財務往來處理；總公司與分公司在財務上是獨立核算的兩個主體，總公司收取分公司利潤時，需要按照國家稅務總局的相關規定進行處理，確保所有的財務往來都合法合規，避免因為內部轉賬導致的稅務問題；
2、總公司對分公司的財務監督；總公司需要對分公司的財務狀況進行監督管理，確保分公司的財務報表真實、完整，同時也要對分公司的財務風險進行評估和控制，保證總公司的財務安全；
3、利潤分配政策的制定與執行；總公司在收取分公司利潤時，需要有明確的利潤分配政策，這個政策應當公平合理，符合公司的長遠發展戰略，並且要確保執行過程中的透明度，避免引起內部矛盾；
4、內部結算價格的確定；總公司與分公司之間在進行產品或服務的內部交易時，需要確定合理的內部結算價格，這個價格要能夠反映市場價值，同時也要考慮到集團內部的成本分配問題。
5、集團財務合並報表的編制；總公司在編制集團財務合並報表時，需要將分公司的財務數據進行合並，這要求總公司的財務人員必須熟悉會計準則和財務合並的相關規定，確保合並報表的準確性和合法性。
綜上所述，總公司在收取分公司利潤的會計處理中，必須先確認分公司繳納了所得稅，然後用稅後凈利潤補償歷史虧損，最後對余下的凈利潤進行分配或內部調配。
法律依據：
《中華人民***和國公司法》
第十四條
公司可以設立分公司。設立分公司，應當向公司登記機關申請登記，領取營業執照。分公司不具有法人資格，其民事責任由公司承擔。公司可以設立子公司，子公司具有法人資格，依法獨立承擔民事責任。
《中華人民***和國民法典》
第七十四條
法人可以依法設立分支機構。法律、行政法規規定分支機構應當登記的，依照其規定。分支機構以自己的名義從事民事活動，產生的民事責任由法人承擔；也可以先以該分支機構管理的財產承擔，不足以承擔的，由法人承擔。