就企業物流成本而言，目前分別采用現有的會計核算體系和作業成本會計體系。
(壹)現有的會計核算體系
所謂現有的會計核算體系，是指利用現有的財務報表進行物流成本核算。企業的兩個主要會計報表是資產負債表和損益表，分別反映的是壹個企業在特定時點上的財務狀況和壹定時期內與企業經營相關的收入及費用成本。在此情況下，體現在現有會計報表中的物流成本屬於可視成本開支，即顯性成本。然而，在部分學者看來，它只是企業物流成本的壹部分，另壹類隱性成本，如庫存積壓降價處理、庫存呆滯產品、回程空載、產品損耗、退貨、缺貨損失等，也應該計入企業物流成本的範疇。
結合中國企業計算物流成本的實踐，可以按照現有的會計核算體系來統計物流成本的完備程度，分為三個等級。
第壹等級是指物流核算只考慮了企業對外部運輸業者所支付的運輸費和向公***倉庫支付的保管費等傳統的物流費用，而不考慮存貨持有成本和物流行政管理成本。這反映了國內大多數企業對物流成本的認識層次，對於現代物流成本的核算來說，是遠遠不夠的。
第二等級是在企業物流成本的統計框架內不僅包含了運輸費(包括包裝費與搬運費)、倉儲費(倉庫的固定資產折舊、設備折舊)，也包含了直接人工費、利息費用、辦公費、低值易耗品的攤銷和存貨損失等，盡可能地把企業發生的顯性成本都涵蓋了進去。即使如此，對企業總的人工費、辦公費在多大程度上用於物流活動，歸人物流成本，仍然存在著壹個如何剝離的問題。
第三等級是同時囊括了顯性成本和隱性成本在內的企業物流總成本。這對於單個企業的物流管理來說，無疑是極有助益的，它是物流概念向廣度和深度的發展趨勢在成本領域的反映，但限於壹系列操作上的難題，如隱性成本的界定和量化等，在現有的成本核算體系內還難以實現。
(二)作業成本會計體系
作業成本會計體系(Active-BasedCosting，ABC)，最早可以追溯到20世紀美國會計大師埃裏克·科勒(EricKohler)教授。直到1988年，美國學者庫伯(RobinCoop-er)和卡普蘭(RobertKaplan)發展了斯坦布斯的思想，提出了以作業為基礎的成本計算，並在過去10年中受到廣泛的關註。
采用作業成本法核算物流成本是基於如下理論基礎，即產品消耗作業，作業消耗資源並導致成本的發生。換言之，作業成本會計體系突破了產品這個界限，把成本核算深入到作業層次，並以作業為單位收集成本，把成本按作業動因分配到產品。
應用作業成本法核算物流成本時，通常會發現核算結果要比基於傳統會計體系核算的結果大出許多，這被間接地當做前者優於後者的依據。根據作業成本法核算物流成本的邏輯流程，我們至少可以得出：由於作業成本法是從作業層次人手，按活動分類計成本的，因此它便於企業分析成本結構、找出露物流流程問題，改進管理水平。
盡管作業成本法被認為是確定和控制微觀物流成本最有前途的方法，但是它的有效使用有兩個先決條件，首先，必須有壹套能夠控制物流活動過程的預算體系和物流服務績效管理指標體系相配套；其次，在核算過程中，資源成本分配和作業成本分配環節牽涉到的分配方法和工作量的問題，大多數需要借助於信息技術才能完成。
目前，對於微觀物流成本的核算，除了介紹和應用較多的傳統成本會計、作業成本會計之外，也有壹些學者基於供應鏈的思想和隱性成本難以度量的考慮，提出了其他物流成本的統計辦法。比如基於成本指數的物流成本評價體系，通過模糊分級辦法構建評價指標，確定相應的狀態指數和指數權值，進而計算出成本指數，或者在分析隱性成本時引入模糊聚類分析法等。它們都是把模糊數學的思想應用到微觀物流成本統計的典型例子，具有壹定的借鑒意義。