市水利局設7個職能科（室），為正科級。
1、辦公室
協助局領導對各處室工作進行綜合協調，組織機關日常工作，負責重要會議的組織和接待工作；負責文秘、行政、檔案、保密、信訪、綜治、政務信息等工作；辦理人大代表議案、政協委員提案；負責機關內部規章制度建設；負責機關基建、國有資產管理及機關後勤服務管理工作；負責局機關離退休人員的管理服務工作。
2、計劃財務科
草擬全市水利中長期發展規劃、水長期供求計劃，負責全市水利年度計劃的編制申報和下達；負責水利建設項目建議書的立項申報；負責水利土地利用的規劃管理工作；負責機關財務工作和指導全市水利行業的財務、會計工作；指導並監督局單位的財務管理；擬訂水利行業各項經濟調節措施，研究提出有關水利的價格、稅收、信貸、財務等經濟調節意見；宏觀調節水利資金，監督管理水利系統的國有資產；負責水利綜合統計工作；指導全市水利行業對外經濟、技術合作與交流。
3 、水政水資源科（市節約用水辦公室、市水政監察支隊）
主管水利行業的法制工作，草擬水利法制建設規劃；研究提出有關水利方面的方針政策的貫徹實施意見，草擬有關管理制度；指導水政監察和水行政執法工作；承辦縣區和部門間水事糾紛協調的有關工作；承辦水利行政訴訟、行政復議和普法教育工作；承辦水利資源的統壹規劃、管理和保護工作；組織實施取水許可證制度和水資源費征收制度；草擬縣區間水量分配方案並依法組織實施；組織水功能區的劃分和向飲水區等水域排汙的控制；審核水域納汙能力，審核入河排汙口的設置，提出限制排汙總量的意見並監督實施；指導全市計劃用水、節約用水和城市供水的水源規劃。
4、科學技術科
草擬水利科學技術發展規劃，負責水利科技成果管理和新技術推廣工作；組織對水利水電工程可行性評估及初步設計審核工作；負責小型水利工程項目的技術審批；負責工程投資概預算、專業定額及有關造價工作的管理；協助指導主要江河流域的綜合規劃工作；監督實施水利行業技術質量標準和規程、規範。
5、水利工程建設科（市水利工程質量監督站）
研究貫徹農村水利的方針政策、發展規劃及有關規範和標準；指導全市農田水利基本建設和農村水利社會化服務體系建設；負責全市水利工程建設的行業管理，組織建設中小水工程；負責水利工程建設項目的管理；組織協調江河堤防的開發工作；組織編制中、小型灌區規劃；指導全市及鄉鎮供水和農村人畜飲水及農村灌溉工作；指導農田水利工作管理制度的改革；組織水利建設工程的檢查驗收工作；承擔水利建設工程質量的監督管理職能；歸口管理全市水利工程、水利綜合經營和水庫移民工作；組織、指導水庫、水電站大壩及河道堤防的安全監督管理。
6、水土保持科
負責全市水土保持工作，協調水土綜合治理；組織草擬全市水土保持規劃和小流域治理規劃；組織全市水土保持重點治理區的工作；組織水土流失監測；實施水土保持方案審批制度和組織水土保持規費征收工作，對有關法律、法規的執行情況實施監督。
7、人事教育科
負責局機關以及直屬單位機構編制、人事教育管理工作；組織實施國家公務員制度；負責局屬單位職稱改革和初級專業技術職稱評審工作；負責局屬單位勞動工資、勞動保護、社會保險和勞資統計工作；負責全市水利系統職工教育和培訓工作。
黨委辦公室。承辦局黨組日常工作。
紀檢監察室。負責局機關和直屬單位紀檢監察工作。