工資管理系統包含了對員工薪資方案設定的功能，可以設定不同職級、崗位及員工的薪資方案，並設定對應的薪資科目和計算方式。其中包含了績效工資、工齡工資、年度調薪等部分，另外還支持對不同地區的員工設定不同幣種，匯率實時聯網更新。
2、福利津貼設置
在工資管理系統中除設定主要的薪資科目外，還能夠對員工的福利津貼等項目進行管理，且支持自定義福利津貼項及其內容。比如支持餐補、住宿補貼、交通補貼、出差補貼、培訓補貼等等，可以自定義津貼內容，滿足企業對員工的日常關懷需求。
3、計件工資管理
另外，工資管理系統還支持了計件工資和計時工資的管理。計件工資管理可以對各個工序的單價、產量、良品率等進行設定，通過計數器接口導入數據或人工錄入數據的方式進行計數，然後結合計件工資計算公式進行計算工資。計時工資則常常是根據考勤時間來計算員工正常班和加班工資，但也可以用於特殊工序的計時工資，在系統中設定該工序的單價、產量、良品率等進行計時工資計算。
4、綜合工資計算
再者就是對員工的綜合工資進行統壹計算了，在此時系統會根據員工的薪資方案來逐項進行數據統計，按照算薪公式來進行工資計算，包含了上述所有的薪資科目項，單獨計算出各項數據後進行匯總計算，得到員工的綜合工資。
5、社保個稅申繳
另外就是需要對員工的社保、公積金等進行繳納，以及對員工所得工資需繳稅部分進行個稅申繳。東寶工資管理系統支持了實時聯網獲取地方社保平臺的繳費標準，可以直接進行各地的社保繳費，同時員工個稅的申報也是同理，計算出應繳稅額後可以對接稅務平臺進行個稅代扣。
6、工資條發放
在工資管理系統計算完員工的所有工資項後，會根據員工的應發工資來生成員工的工資明細表，也就是工資條。工資條以電子檔的形式生成，支持打印成紙質工資條，便於企業發放。電子檔的工資可以以郵件、短信鏈接或者通過員工自助app來發送給員工參閱和確認，員工對工資明細有疑問，可以直接進行申訴處理，待人事和財務重新核查工資明細後重新發放工資條信息。