根據《江蘇省國家稅務局關於鹽城市國家稅務局規範機構設置明確職責分工方案的批復》（蘇國稅發[2005]184號），我市國家稅務局內設機構、直屬機構、事業單位及其所屬機構、派駐機構的具體機構設置、職能配置如下： 鹽城市國家稅務局內設機構級別為正科級，設置如下：
（壹）辦公室
負責本系統目標管理考核及督查督辦工作；協助局領導對有關工作進行綜合協調。
（二）政策法規處
進行有關政策法規的調查研究和宣傳培訓；負責貫徹、建立和推行規範稅收執法的規章、制度；負責稅收資料調查工作；負責組織對稅收法律、法規執行情況進行監督檢查；承辦重大稅收案件審理的日常工作；負責稅務行政訴訟、聽證和賠償等涉稅法律事務；負責規範性文件的會簽把關、稅收檢查案件的復查復審以及配合審計、財政監督等部門的外部監督工作。
（三）流轉稅管理處
負責流轉稅稅政業務並對其執行情況進行監督檢查；擬訂有關流轉稅征收管理的具體辦法；管理增值稅專用發票和其他低扣憑證的業務；負責金稅工程流轉稅業務的管理及推廣應用工作；負責增值稅壹般納稅人管理；負責流轉稅納稅申報業務管理。
（四）所得稅管理處
負責所得稅稅政業務並對其執行情況進行監督檢查；擬訂有關所得稅征收管理的具體辦法；負責城市商業銀行、城鄉信用社的財務制度管理工作。
（五）國際稅務管理處
撤銷涉外稅務分局，將涉外稅收管理處更名為國際稅務管理處。負責國際稅收協定執行、反避稅實施、涉外稅務審計、情報交換、我國及外國居民跨國收益稅收監管等國際稅務事項管理；負責現行涉外企業所得稅稅收政策管理並對執行情況和日常管理情況進行監督檢查。負責涉外稅收政策業務並對其執行情況進行監督檢查，市區涉外企業的稅收管理工作。
（六）進出口稅收管理處
撤銷進出口稅務分局，保留進出口稅收管理處。
負責國家進出口稅收政策及管理辦法的貫徹落實、日常監督檢查工作；負責出口貨物退免稅的審核審批、年終清算；負責出口貨物退免稅信息化管理系統的推廣應用和維護工作；配合有關部門組織實施反避稅檢查。打擊出口騙稅工作。
（七）征收管理處
負責實施綜合性稅收征管法律、法規和規章制度，並結合實際制定綜合性稅收征管制度和辦法；負責本系統稅收征收管理體制改革工作；負責稅務登記等稅收資料的管理和運用；牽頭對征管質量的綜合考核、分析和日常管理工作；指導主管個體工商戶和集貿市場稅收征管及有關建帳建制工作；負責組織征管軟件和除涉及增值稅防偽稅控以外的稅控器具的推廣和應用工作；負責社會性協稅護稅及協助司法機關打擊偽造、倒賣、盜竊普通發票等違法活動；負責稅款緩繳、呆帳稅金、死欠稅款核銷管理工作；牽頭負責納稅評估綜合性制度、辦法的制定和組織實施工作；負責納稅服務、日常稅源基礎管理、日常管理性檢查及其綜合制度、辦法的制定；負責註冊稅務師管理及稅務代理工作的監督、管理、指導；負責辦稅人員的管理工作。
（八）計劃統計處
貫徹執行稅收計劃、會計、統計制度；負責全市經濟稅源的調查、預測和提出稅收計劃分配的方案；負責日常稅源和重點稅源監控管理，進行稅收能力估算和稅收宏觀、微觀分析；負責全市稅收會計核算，生成、上報各類稅收會計、統計報表，負責並檢查稅收入退庫；負責全市稅收票證管理。承辦領導交辦的其它工作。
（九）財務管理處
貫徹財務管理制度，負責本系統經費、財務、基本建設、裝備和資產的管理工作；編制全市和市本級的經費預算、決算；組織內部審計和政府采購工作；負責所屬單位的財務管理和監督。
計劃統計處與財務管理處合署辦公。原征收計統處與財務審計處名稱撤銷。
（十）人事教育處
研究和執行人事管理制度；負責機構、編制、任免、考核、錄用、調配、交流、辭退、勞動工資、人事檔案管理、專業技術職務等人事管理工作;負責對下壹級領導班子和領導幹部的監督管理和後備人選的培養選拔工作；負責本系統思想政治工作、精神文明建設和基層建設；負責教育培訓管理工作。離退休幹部管理辦公室(副科級，掛靠人事教育處)。負責機關離退休幹部的管理和服務工作，指導本系統離退休幹部的管理和服務工作。
（十壹）監察室
負責本系統各級國稅機關及工作人員貫徹執行黨和國家的路線方針及有關法律、法規、政策情況的監督檢查；負責本系統黨的紀律檢查、行政監察和廉政建設工作；負責執法監察和糾風工作；負責本級管理幹部信訪舉報、違法違紀案件和系統內重大案件查處工作；負責本系統科級領導幹部的離任審計工作。
（十二）辦稅服務廳（原第壹稅務分局更名）
負責受理鹽城市市區範圍內納稅人上門辦理的各項涉稅申請事項，即：稅務登記；稅務認定（包括壹般納稅人的資格認定）；帳簿憑證管理；納稅申報包括增值稅、消費稅、所得稅申報（含網上申報）的接收、審核；稅款征收（包括增值稅壹般納稅人的抄報稅、進項發票認證、“壹窗式票表稽核”；市區運輸發票、廢舊物資收購發票、海關完稅憑證和農產品收購憑證等四種非增值稅抵扣憑證的電子信息采集、傳輸）；發票領購繳銷（包括驗舊）及增值稅專用發票、普通發票的代開；金稅工程相關事宜；各類涉稅申請（包括部分稅收法律救濟）；處理壹般性違規違章行為（即：以市局名義處理逾期辦理稅務登記、逾期申報、發票驗舊中發現的違章等行為）；行政許可受理；欠稅公告的發布；稅務咨詢等工作；負責車輛購置稅征收管理工作，承辦領導交辦的其它工作。其內設機構數量和序列不變，原受理核批科更名為受理科。
（十三）機關黨委辦公室
另設機關黨委辦公室，負責市局機關和直屬機構、事業單位的黨務、紀律檢查、工會、***青團、婦聯工作、計劃生育、精神文明建設和思想政治工作。 （壹）鹽城市國家稅務局直屬稅務分局
鹽城市國家稅務局直屬稅務分局（原第二稅務分局更名），級別為正科級，管轄區域不變，其內設機構數量和序列不變，原調查執行科更名為稅源管理科。
（二）鹽城市國家稅務局稽查局
鹽城市國家稅務局稽查局，級別為正科級。其內設機構數量和序列不變。負責組織、指導、協調和監督本系統的稅收檢查工作；負責對年度計劃確定的重點稅源企業和稅務違法案件的查處、審理、執行工作；對下級稅收檢查情況進行復查復審。 鹽城市國家稅務局設置事業單位，級別為正科級。
（壹）信息中心
組織稅收管理、綜合行政管理等信息系統建設；執行信息系統管理制度和技術標準；建立、管理和維護計算機網絡與涉稅信息等綜合數據庫；參與組織應用軟件開發和稅控器具的推廣、應用及技術培訓工作；負責計算機設備的維修、維護、調配管理。集中處理並深化利用全市國稅征管數據；負責網絡申報數據的接收及相關技術處理；負責每月征管信息分析報告數據的采集及相關工作；對征管活動進行實時的、遠程的、全面的監控；數據深化利用，為日常管理和領導決策提供依據。
（二）機關服務中心
擬定局機關後勤服務和行政事務的規章制度及管理辦法並組織實施；負責市局機關車輛管理和接待工作；負責局機關後勤服務的組織管理工作；負責局機關綜合治理工作；負責局機關辦公物品的采購、保管、分配和維修工作；負責局機關房產管理、安全保衛等工作；負責局機關裝備管理。
（三）培訓中心
負責系統國稅幹部的職務培訓、崗前培訓、業務培訓等工作，承擔接待和會議服務等工作。 鹽城市國家稅務局派駐機構，級別為正科級。
（壹）鹽城市國家稅務局第壹稅務分局（原第三稅務分局更名）
（二）鹽城市國家稅務局第二稅務分局（原第五稅務分局更名）
第壹稅務分局和第二稅務分局，管轄區域不變，其內設機構數量和序列不變，原調查執行科全部更名為稅源管理科。負責管轄區劃範圍內的納稅企業、個體工商業戶、各類專業市場的納稅服務、納稅評估、稅務行政處罰等稅收管理工作，以及與稅源管理、戶籍管理、認定管理、發票管理、政策管理、金稅工程、申報管理、欠稅管理等相關的調查、核批、執行工作，包括日常管理性檢查。 按照行政區劃，設置東臺市國家稅務局、大豐市國家稅務局、鹽都區國家稅務局、建湖縣國家稅務局、射陽縣國家稅務局、阜寧縣國家稅務局、濱海縣國家稅務局、響水縣國家稅務局，上述8個單位均為鹽城市國家稅務局所屬全職能正科級機構。（壹）各縣（市、區）國家稅務局機關內設機構
各縣（市、區）國家稅務局設6個內設機構，級別為正股級。
1、辦公室
制定局機關和本系統的年度工作計劃及長遠發展規劃；處理局機關日常政務，起草和審核有關文件和報告；負責綜合性會議組織、秘書事務、文電處理、文書檔案、文印、信訪、保密、調研、政務信息、稅收宣傳和外事工作；負責組織稅收科研、學術交流和科研成果的鑒定、評選、推廣及獎勵工作；制定辦公規章制度；管理機關財務等後勤保障及機關行政事務工作；負責局機關和本系統目標管理考核及督查督辦工作；組織實施綜合行政管理信息系統；辦理人大代表建議、政協委員提案；協助領導對有關工作進行綜合協調；承辦領導交辦的其它工作。
2、稅政管理科（原綜合科更名）
負責流轉稅、所得稅、車輛購置稅等稅種的稅政業務；管理增值稅專用發票；負責金稅工程流轉稅業務的管理、推廣應用及認證報稅、數據采集、和日常稽核管理工作；負責增值稅等稅種的納稅評估、日常稽核和日常管理性檢查工作；負責涉稅法律事務；負責組織對稅收法律、法規執行情況進行日常管理性監督檢查；負責稅收協定執行、反避稅實施、外國居民稅收監管、情報交換、國際稅務管理合作工作；負責對出口企業退免稅申報的審核和確認，組織落實本地出口貨物征稅情況並負責對外復函，負責本地出口貨物專用繳款書及分割單開具的檢查及指導工作；承辦領導交辦的其它工作。
3、征收管理科（原法規科更名）負責組織實施綜合性稅收征管法律、法規和規章制度，處理執行稅收征管法規、條例中的有關事項；負責涉稅法律事務，組織對稅收法律、法規執行情況進行日常管理性監督檢查；負責稅務登記、納稅申報、稅款征收、稅收資料和普通發票的管理；牽頭組織對征管質量的綜合考核；負責組織征管軟件的推廣和應用；牽頭負責納稅評估的組織實施和指導、協調、管理工作；負責納稅服務的組織、管理工作；承辦重大稅收案件的審理和行政處罰、聽證工作；負責稅務行政訴訟和行政復議等事項；承辦領導交辦的其它工作。
4、人事教育科研究和執行人事管理制度；負責機構、編制、任免、考核、調配、交流、辭職辭退、工資福利、專業技術職務等人事管理工作;負責離退休幹部及提前離崗人員的管理和服務；負責思想政治工作、精神文明建設和基層建設；負責教育培訓管理工作；負責黨建、工會、***青團和婦聯工作；承辦領導交辦的其它工作。
5、監察室
負責貫徹執行黨和國家的路線方針及稅收法律、法規情況的監督檢查；負責黨的紀律檢查、行政監察和廉政建設工作；負責執法監察和糾風工作；負責信訪舉報、違法違紀案件工作；承辦領導交辦的其它工作。
6、計劃統計科
成立計劃統計科，負責稅收計劃管理、稅收會計、統計等信息數據的統計和分析工作；負責編制和分配稅收計劃、指導組織收入工作，進行稅收預測分析，負責稅款征收信息的集中處理和會計核算工作，組織並檢查稅款征收、解庫、提退等制度的執行；負責稅源資料的調查和測算，監控重點稅源；負責稅收票證的管理；承辦領導交辦的其它工作。
（二）直屬機構
稽查局
稽查局負責對年度計劃確定的重點稅源企業和稅務違法案件的查處、審理、執行工作；組織貫徹稅務稽查規章制度，擬定具體實施辦法；負責稅收案件舉報的受理、轉辦；負責與公安、檢察、審判機關協調稅務稽查中的司法工作；負責金稅工程發票協查工作；負責牽頭組織稅收專項檢查工作；承辦領導交辦的其它工作。
（三）事業單位
信息中心，級別為正股級。
負責組織稅收管理、綜合行政管理等信息系統建設；參與組織應用軟件開發和稅控器具的推廣、應用及技術培訓；根據工作需要，對征管數據進行質量審核、加工處理、綜合分析等；負責網絡及系統安全管理工作；承辦領導交辦的其它工作。
（四）派駐機構
各市（縣、區）國家稅務局所屬稅務分局為縣（市、區）國家稅務局的派駐機構，按行政區劃設置，統壹按數字序列命名，負責分局轄區內的國稅征管工作，機構級別均為副科級。
各縣（市、區）國家稅務局派駐稅務分局的數量及管轄範圍、領導職數、內設機構（股級）、人員配置，嚴格按照鹽城市局2004年機構設置及領導職數配備方案的批復文件執行。
各縣（市、區）第壹稅務分局內設機構數量和序列不變，原受理核批股更名為受理股；其他派駐稅務分局，其內設機構數量和序列不變，原調查執行股更名為稅源管理股。