交53079元。根據年薪40萬的情況，每月工資約為33333元（400000除以12個月）。在稅率為25%的情況下，應繳納稅款為28333元（33333乘以25%）。然後再減去速算扣除數2660元，實際應繳納的稅款為25673元（28333減去2660）。
這是每個月的稅款金額，而壹年有12個月，所以總的稅款金額為308076元（25673乘以12個月）。
綜上所述，年薪40萬的情況下，需要繳納53079元的稅款（308076除以12個月）。
法律依據：《中華人民***和國企業所得稅法》第三條 ，個人所得稅的稅率：
壹、工資、薪金所得，適用超額累進稅率，稅率為百分之三至百分之四十五。
二、個體工商戶的生產、經營所得和對企事業單位的承包經營、承租經營所得，適用百分之五至百分之三十五的超額累進稅率。
三、稿酬所得，適用比例稅率，稅率為百分之二十，並按應納稅額減征百分之三十。
四、勞務報酬所得，適用比例稅率，稅率為百分之二十。對勞務報酬所得壹次收入畸高的，可以實行加成征收，具體辦法由國務院規定。
五、特許權使用費所得，利息、股息、紅利所得，財產租賃所得，財產轉讓所得，偶然所得和其他所得，適用比例稅率，稅率為百分之二十。
核算薪酬的會計分錄怎麽做？
（壹）工資、獎金、津貼、補貼：
1、月末計提時：
借：生產成本、制造費用、管理費用、銷售費用、 研發支出、 在建工程等，
貸：應付職工薪酬——應付工資、獎金、津貼、補貼。
2、實際發放時：
借：應付職工薪酬——應付工資、獎金、津貼、補貼，
貸：銀行存旅桐此款、庫存現金等，
其他應收款、應交稅費——應交個人所得稅（代扣代繳個人所得稅）。
（二）職工福利費：
1、計提時：
借：生產成本、制造費用、管理費用、銷售費用，
貸：應付職工薪酬——職工福利費。
2、實際發放時：
借：應付職工薪酬——職工福利費，
貸：銀行存款、庫存現金等。