根據上述職責，淮南市財政局設24個內設機構：
（壹）辦公室
負責政務和有關事務的綜合協調工作；負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔綜合性文稿起草、政策研究、信息、新聞、保密、信訪、政務公開等工作；承擔機關和部分直屬單位的財務、國有資產管理和後勤保障工作。
（二）綜合科
分析預測全市宏觀經濟形勢並提出宏觀調控政策建議；研究提出有關收入分配政策和改革方案；管理住房改革預算資金；會同有關方面擬定國有土地出讓政策；參與工資、物價、住房、國有土地使用等制度改革；承擔彩票管理的有關工作；承擔城市建設及維護資金的預算編制審核撥付工作；承擔國有土地出讓收支報表及廉租住房保障報表的統計工作。
（三）稅政條法科
組織起草地方性稅收法規，提出稅目稅率調整及減免、退稅的建議；承擔機關有關規範性文件的合法性審核工作；承擔國家賠償費用管理工作；承擔有關行政復議、行政應訴工作；辦理出口退稅事項。
（四）預算科
研究提出財政政策、財政體制、預算管理制度和中長期財政規劃的建議；負責全市收支預算編制的指導、監督和管理；編制年度市本級預算草案和辦理預算追加事宜；承擔市本級部門支出標準體系建設工作；研究建立財政支出績效評價制度和評價體系；承擔市對縣（區）的轉移支付工作；匯總年度全市財政預算；編制全市財政年度收支決算草案；擬定全市地方性政府債務管理制度辦法。
（五）預算編制辦公室
承擔市直部門預算編制的具體工作；承擔市本級部門預算審核、批復、調整工作；承擔市本級部門預算項目庫、基礎信息庫、工資統發庫的管理工作；承擔清理規範公務員津貼補貼的相關工作。
（六）國庫科
負責全市財政收支預算執行；執行國家金庫管理制度及總預算會計、行政事業單位會計和政府會計制度；組織擬定全市國庫集中收付相關制度辦法；管理市本級財政和預算單位帳戶；負責總預算會計和預算外專戶會計核算；負責全市和市本級年度財政總決算和部門決算；負責市本級財政國庫資金調度；承擔國庫現金管理的有關工作；承擔國債和地方政府債券的有關管理工作；負責辦理與縣（區）財政年終結算工作。
（七）行政政法科
承擔行政、政法以及黨派團體等方面的部門預算有關工作，研究提出相關財政政策；牽頭擬定行政經費財務管理制度；研究提出行政經費（包括外事經費）開支標準和定額；承擔部門裝備配備和統壹著裝管理工作；負責全市非貿易外匯管理；負責對所聯系部門（單位）財政資金的監督管理。
（八）教科文科
承擔教育、科技、文化、體育、計劃生育等部門預算有關工作，研究提出相關財政政策；按規定管理各相關部門和單位專項資金；制定各相關部門和單位專項資金管理辦法和財務管理辦法；負責對所聯系部門（單位）財政資金的監督管理。
（九）經濟建設科
承擔發展改革、交通、國土資源、環保、采煤沈陷、糧食、供銷等部門預算有關工作，研究提出相關財政政策；參與擬定基本建設投資的有關政策和項目安排；擬定基本建設財務管理制度；承擔有關政策性補貼和專項儲備資金的財政管理工作；承擔財政投資評審管理工作；負責對所聯系部門（單位）財政資金的監督管理。
（十）農業科
承擔農業、林業、水利、氣象等部門預算有關工作，研究提出相關財政政策；擬定財政支農資金管理辦法和農業財務管理制度；管理支農專項資金和財政扶貧資金；負責對所聯系部門（單位）財政資金的監督管理。
（十壹）社會保障科
承擔人力資源和社會保障、民政、衛生、食品藥品監督等部門預算有關工作，研究提出相關財政政策；會同有關方面擬定和執行有關資金（基金）財務管理制度；會同有關方面管理市本級財政社會保障、就業及醫療衛生支出；編制市本級社會保障預決算草案；審核全市社會保險基金預決算草案；負責全市企業職工基本養老保險基金預決算的編制、執行、管理和監督；負責對所聯系部門（單位）財政資金（基金）的監督管理。
（十二）企業科
承擔市經濟和信息化委員會（國有資產監督管理委員會）、市商務局等部門預算有關工作；研究提出支持全市企業和有關行業改革和發展的財政政策；貫徹企業財務制度及企業財務會計報告編制辦法；配合有關部門參與對企業的資產評估工作；負責對所聯系部門（單位）財政資金的監督管理。
（十三）外資金融科
負責地方金融類機構財務監管；負責擔保行業的監督管理；承擔財政政策與貨幣政策在我市協調配合的研究和實施工作；負責國際金融組織貸（贈）款及外國政府貸（贈）款的管理，承擔項目申報、前期準備、配套資金落實、轉貸（贈）、貸款回收及監督評價工作；按規定管理政策性金融類業務。
（十四）農村財政管理局
負責全市耕地占用稅和契稅征收管理、政策制定及涉稅案件的稽查；指導全市農村財政管理工作，擬定鄉鎮財政管理的有關制度、辦法；指導、監督財政補貼農民資金管理工作；管理有關涉農資金。
（十五）會計科（行政審批服務科）
組織實施國家統壹的會計準則制度、內部控制規範、註冊會計師行業規章制度；按規定承擔會計專業技術資格考務工作和全市會計從業資格的管理工作；負責會計代理記賬機構的行政審批及日常監督管理工作；組織實施會計信息化標準，指導全市會計電算化工作；承擔市會計學會、市珠算協會工作。
（十六）行政事業單位國有資產管理科
擬定全市行政事業單位國有資產管理規章制度，並對執行情況進行監督檢查；按規定審核市本級行政事業單位國有資產處置、產權變動和出租、出借國有資產事項；承擔國有資本經營預算有關工作，審核和匯總編制全市國有資本經營預算、決算草案；承擔國有資本收益（不含市國資委監管企業）的征收和監繳工作；指導縣（區）行政事業單位國有資產管理工作。
（十七）監督檢查局
擬定全市財政監督檢查的有關制度辦法；監督檢查財稅法規、政策的貫徹執行和財政財務管理情況；監督檢查全市會計信息質量；反映財政收支管理和重要財政政策執行中的重大問題，提出加強財政管理的政策建議；依法查處違法違規行為。
（十八）政府采購科
擬定政府采購有關政策辦法並監督執行；擬定並調整市本級集中采購目錄和公開招標限額標準；審核監督市本級部門政府采購預算；監督市本級政府采購活動；指導全市政府采購工作。
（十九）市農業綜合開發辦公室
擬定和執行全市農業綜合開發的有關政策及項目、資金管理辦法；編制全市農業綜合開發規劃；管理和統籌安排農業綜合開發資金；組織項目的申報、評估、審批、檢查、竣工驗收工作。
（二十）農村綜合改革領導小組辦公室
承擔全市農村綜合改革領導小組的具體工作；與相關部門擬定有關農村綜合改革政策文件和配套措施辦法；承擔“壹事壹議”財政獎補工作；承辦市農村綜合改革財政體制改革方面的有關工作。
（二十壹）民生工程辦公室
承擔各項民生工程政策措施的組織實施工作；參與審定民生工程政策措施的實施辦法；擬定民生工程資金籌集、分配方案，會同有關方面制定民生工程資金管理辦法；協調解決民生工程實施過程中的有關事項；研究提請市實施民生工程領導小組及其辦公室決定的重大事項；承擔市民生工程領導小組及其辦公室交辦的有關工作。
（二十二）信息科
承擔全市財政信息系統的規劃建設和管理工作；承擔市本級財政信息網絡的運行維護及軟件更新工作；承擔“淮南市財政局”網頁更新工作；負責全市“金財工程”的具體組織實施工作。
（二十三）人事教育科
負責局機關和直屬單位的人事管理工作；擬定並組織實施全市財政系統教育培訓規劃等工作。
（二十四）非稅收入征收管理局
執行國家和省有關非稅收入征收管理的法律法規和規章制度，擬定市本級非稅收入征收管理的具體實施辦法和相關政策；承擔市本級非稅收入的預算編制、執行和決算審核、匯編工作；負責市本級非稅收入的征收管理工作；負責辦理市本級非稅收入征收業務費的提取、使用及有關財務核算；管理財政票據；指導縣（區）非稅收入征收管理工作。
四、人員編制（略）