出口發票是出口企業辦理退稅的重要憑證。出口退稅要求企業提供稅務機關監制的出口發票，增值稅專用發票和出口發票的開具時限要求在出口貨物出口退(免)稅申報時限前開具。
2、出口企業銷售處理問題
(1)外貿企業在出口貨物時，應在貨物申報出口的當月做銷售處理(月末以後出口的貨物可以在次月銷售)。
(二)生產企業的產品以離岸價出口的，應當在貨物申報出口的當月銷售；如果貨物以CIF價格出口，應在貨物申報出口並能準確確認出口報關單上註明的國外運費、保險費和傭金後出售。
3、外貿企業國內采購原材料加工出口問題
目前，外貿企業的出口方式呈現出新的特點，即在國內采購物資，委托生產加工後再出口。這種方式的特點是出口貨物名稱與申報退稅時企業提供的增值稅專用發票上的貨物名稱不符，壹張報關單對應多張發票。從這種方式的退稅申報來看，存在加工合同簡單、發票開具不規範等問題。為規範管理，規定如下要求:
(1)企業申報退稅時，必須同時提供主材和加工費的增值稅專用發票。如果只能提供壹張增值稅專用發票(主材或加工費)，則按單據征稅。
(2)企業申報退稅時，提供的原材料購銷合同和委托加工合同內容應詳細規範。即原材料購銷合同要有詳細的數量、單價、金額、結算方式、運輸方式；委托加工合同必須註明單耗、損耗和提供的材料、成品數量。
(3)國內采購或委托生產加工的出口商品的外匯成本不能高於出口匯率。如果存在匯兌成本高的問題，按照第三條的規定進行調整後計算退稅。
(四)委托生產加工的國內采購出口商品，分別按照原材料和加工品的退稅率予以退稅。原材料和出口商品的退稅率壹致的，可以按照出口商品的退稅率統壹適用退稅。為保證退稅率的準確性，出口企業在申報退稅時必須提供原材料的出口商品編碼，以便退稅機關查詢和確定退稅率。